Berdasarkan catatan sejarah pada masa Kerajaan Pajajaran di wilayah Cirebon, berdiri kerajaan kerajaan kecil antara lain Saunggalah Kuningan, Talagamanggung dan Rajagaluh, Majalengka, Wanagiri Palimanan, Surantaka Kapetakan, Singapura di Astana dan Japura di Astanajapura yang rajanya diangkat oleh Maharaja Pajajaran.[2]
Pada akhir masa kejayaan Pajajaran, di sekitar Pantai Utara atau wilayah Timur Pajajaran bermunculan pemukiman-pemukiman penduduk yang selanjutnya berkembang menjadi pedukuhan atau desa. Salah satu Pedukuhan itu adalah Kemlaka yang wilayahnya meliputi Kemlaka Gede dan sebagian Desa Pilangsari sekarang, yang dibuka oleh Raden Mas Zakaria atau Ki Gede Buyut Raden Kemlaka (Ki Gede Kemlaka) yang bergelar Ki Muntalarasa. Nama "Kemlaka" berasal dari nama pohon sejenis cermai yang awalnya banyak tumbuh di wilayah ini.[2]
Kemlaka merupakan sebuah wilayah yang strategis sehingga dalam perjalanan sejarahnya berhasil menorehkan prestasi yang tidak kecil bagi perkembangan Kerajaan Islam Cirebon melalui tokoh tokohnya yang sangat melegenda seperti Ki Buyut Muji dan Ki Layaman di samping Ki Buyut Kemlaka. Wilayah Kemlaka yang sebelumnya merupakan sebuah pedukuhan biasa menjadi wilayah administratif dalam lingkungan Kerajaan Islam. Disebelah Timurnya adalah pedukuhan Tedeng yang dipimpin oleh Ki Gede Tedeng yang terkenal dengan disiplin keprajuritannya.
Raden Mas Zakaria (Ki Buyut Kemlaka) banyak berjasa daiam perkembangan Kerajaan Islam Cirebon, sehingga untuk menghormati jasa-jasanya itu peristirahatan terakhirnya ditempatkan dilingkungan Astana Gunung Jati Cirebon berdekatan dengan makam Ki Gede Pilang dan Ki Gede Dawuan.
Ki Buyut Kemlaka juga merupakan prajurit dan pemimpin perang yang gagah berani. Pada saat Kerajaan Islam Cirebon sebagian besar bekas wilayah Kerajaan Pajajaran sekitar tahun 1529, tidak sedikit tantangan dan gangguan yang menghadang seperti serangan sporadic yang dilakukan Prabu Pucuk Umun (Arya Salingsingan), Raja Talagamanggung yang setia terhadap Pajajaran. Dengan mengerahkan berbagai kekuatan ia berupaya menjatuhkan kekuasaan Kerajaan Cirebon, akan tetapi berkat kemampuan para prajurit dan pimpinan padukuhan, serangan tersebut dapat dipatahkan.
Ki Buyut Kemlaka bersama Ki Gede Tedeng berhasil mengusir kekuatan lawan, sehingga lawan tidak dapat menyerang pusat kerajaan. Prabu Pucuk Umun dengan senjata pusakanya tombak "Ki Cuntangbarang" dapat dikalahkan dan dipukul mundur.
Ki Buyut Kemlaka adalah tokoh yang memiliki ilmu agama yang tinggi. Pemahamannya terhadap ajaran kesufian yang bersumber dari ilmu tarekat menempatkannya pada kedudukan yang terhormat, sehingga Ki Buyut Kemlaka memperoleh gelar Ki Muntalarsa, artinya orang yang memiliki keistimewaan di dalam mengolah atau mencerna rasa.
Keistimewaan ini adalah simbol pengendalian hati (qalbu) didalamnya mengandung unsur rasa nafsu dan roh sebagai sumber yang menggerakkan sikap dan perilaku manusia sehari-harinya. Dengan kemampuan mencerna rasa dalam pengertian spiritual ini, maka Ki Gede Kemlaka terkenal sebagai seorang pemimpin yang arif dan bijaksana. Sesuai dengan pepatah "desa mawa rasa cara, bumu mawa ciri " keteladanan Ki Kemlaka senantiasa tercermin dalam kehidupan masyarakatnya dari generasi ke generasi.
Setelah meninggalnya Ki Buyut Kemlaka (Ki Gede Kemlaka), tidak banyak yang mengetahui bagaimana kelanjutan dari pemerintahan di Desa Kemlaka, akan tetapi sebagian masyarakat menyakini bahwa Kemlaka berikutnya dipimpin oleh keturunan Ki Buyut Kemlaka hingga terjadinya perubahan kekuasaan pada masa pemerintahan Kolonial Belanda.
Desa Kemlaka selanjutnya berubah nama menjadi Desa Kemlakagede.
