Jurnal Perempuan digagas dan didirikan oleh Gadis Arivia pada tahun 1996 M. Ia bekerja sebagai dosen bidang feminisme dan filsafat di Departemen Filsafat, Universitas Indonesia. Pihak lain yang turut mendukung yaitu Ida Dhanny, Asikin Arif, dan Toeti Heraty.[1] Ide untuk menerbitkan Jurnal Perempuan karena mahasiswa di Universitas Indonesia pada masa itu kesulitan mendapatkan bahan-bahan kajian feminis berbahasa Indonesia. Padahal pengetahuan tentang gender dan analisis status perempuan Indonesia di masyarakat sangat dibutuhkan guna memajukan kesetaraan gender di Indonesia. Maka, disusunlah redaksi Jurnal Perempuan yang bersifat sepenuhnya voluntir dari berbagai kalangan pengetahuan.[butuh rujukan]
Pada perkembangannya, Jurnal Perempuan bukan saja dikenal dengan penerbitannya tapi turut pula berkontribusi menegakkan demokrasi di Indonesia dengan mengorganisir unjuk rasa dengan nama Suara Ibu Peduli (SIP) pada tanggal 23Februari1998. Beberapa pimpinan Jurnal Perempuan sempat ditangkap oleh aparat negara, dan sejak itu Jurnal Perempuan giat melakukan advokasi tentang pentingnya demokrasi dan hak asasi manusia. Jurnal Perempuan juga menyorot persoalan perempuan berkaitan dengan kebebasan beragama dan toleransi untuk mempertahankan masyarakat Indonesia yang majemuk sehingga membuka wawasan dan menyuarakan isu-isu penting sosial dan politik di Indonesia. Jurnal Perempuan telah menyediakan ruang agar perempuan dapat menulis dengan kritis dan menuangkan gagasan-gagasannya tentang Indonesia yang lebih baik. Ratusan perempuan dan lakilaki telah berpartisipasi menulis di Jurnal Perempuan dan tulisan-tulisan mereka telah dinikmati pembaca yang tersebar di seluruh Indonesia. Sekarang ini, Jurnal Perempuan memperluas jangkauan kerjanya untuk memperkenalkan kajian-kajian perempuan Indonesia ke mancanegara. Indonesian Feminist Journal yang dilahirkan pada tahun 2013 bertujuan mengangkat penulis dan peneliti perempuan ke jenjang internasional.[5][6]