Jenar melayu sebelumnya ditempatkan dalam genusSerinus tetapi analisis filogenetik terhadap rangkaian DNA mitokondria menemukan bahwa spesies tersebut tidak berkerabat dekat dengan anggota Serinus lainnya atau dengan burung pipit terdekat secara geografis, pipit-hijau vietnam, tetapi dengan pipit-emas Eropa Carduelis carduelis dan ke Pipit limau Carduelis citrinella .[2] Oleh karena itu, spesies ini dimasukkan ke dalam genus terpisah Chrysocorythus, nama yang sebelumnya diusulkan oleh ahli burung Jerman Hans Edmund Wolters pada tahun 1967.[3][4]
Jenar mindanao ( C. mindanensis ) dari Mindanao sebelumnya dianggap sejenis, bersama-sama disebut kenari gunung, tetapi dipisahkan sebagai spesies berbeda oleh IOC pada tahun 2021.[5]
Jenar Indonesia bersifat politipe dengan empat subspesies, termasuk subspesies nominasi di Jawa bagian barat.[6] Ras lainnya meliputi:
^Wolters, H.E. (1967). "Uber einige asiatische Carduelinae". Bonner Zoologische Beitraege (dalam bahasa German). 18: 169–172.Pemeliharaan CS1: Bahasa yang tidak diketahui (link)
^Gill, Frank; Donsker, David (ed.). "Finches, euphonias". World Bird List Version 5.2. International Ornithologists' Union. Diakses tanggal 5 June 2015.