Dia pergi bersama Napoleon dalam ekspedisi Timurnya pada 1798, dan dijadikan gubernur Mesir Rendah. Diputus dari Prancis oleh Armada Inggris, dia mengatur sebuah bengkel di mana pasukan Prancis harus bergantung kepadanya untuk munisi perang.
Dia meninggal di Paris dan dimakamkan di Pemakaman Père-Lachaise dengan sebuah makam yang dihiasi dengan motif Mesir untuk menggambarkan posisinya sebagai sekretaris Institut Kairo. Namanya diabadikan dalam Daftar 72 nama di Menara Eiffel.
Fourier, J. Éloge historique de Sir William Herschel, prononcé dans la séance publique de l'Académie royale des sciences le 7 Juin, 1824. Historie de l'Académie Royale des Sciences de l'Institut de France, tome vi., année 1823, p. lxi.[Pg 227]