Maskapai penerbangan ini didirikan tahun 1999 dan mulai beroperasi Maret 2001. Pada September 1999, ia memperoleh izin dari pemerintah Indonesia untuk melakukan penerbangan berjadwal di 46 rute. Perusahaan ini dimiliki oleh investor perorangan (75%) dan Rudy Setyopurnomo (25%), Presiden Direktur maskapai ini.
Indonesian Airlines menghentikan operasinya pada tahun 2003. Setelah itu kantor pusatnya juga ditutup.
Rudy Setyopurnomo kemudian bekerja pada Grup RGM Group yang mengoperasikan 4 pesawat kecil.