Sedikitnya 9 orang tewas dan 1.000 orang luka-luka akibat gempa awal ini.[12] Sementara, sekitar 40.000 orang di wilayah terdampak gempa pun dievakuasi ke tempat yang aman.[13]
Gempa utama 16 April
Dua hari setelahnya, gempa berkekuatan 7.0 skala Richter mengguncang Kumamoto untuk kedua kalinya pada pukul 1:25 waktu setempat (15 April 16:25 UTC). Pusat gempa berada di wilayah Kota Kumamoto.[1] Guncangan gempa terasa hingga di Beppu, Prefektur Ōita[14] dan di Busan, Korea Selatan.[15] Pada pukul 1:27 waktu setempat, peringatan bahaya tsunami diberlakukan untuk wilayah di sepanjang pesisir Laut Ariyake dan Laut Yatsushiro.[13] Dua jam setelahnya peringatan tsunami dicabut.[16]
Pascagempa, kerusakan terjadi di beberapa wilayah di Kumamoto. 91.700 warga dievakuasi dari wilayah gempa.[17] Sementara, dilaporkan 32 orang tewas dan lebih dari 2.000 orang luka-luka akibat gempa kedua ini.[18]
Kerusakan infrastruktur dilaporkan terjadi di seluruh wilayah Kyushu; di antaranya banyak rumah di Kumamoto yang ambruk;[12] matinya jaringan air di Kumamoto;[19] ambruknya bendungan di Nishihara, Kumamoto yang mengharuskan warga setempat dievakuasi;[19] dan berhentinya jaringan kereta cepat Kyushu Shinkansen akibat kereta yang anjlok pascagempa.[20]
^ abcd平成28年4月14日21時26分頃の熊本県熊本地方の地震について [About the earthquake in the Kumamoto area of Kumamoto Prefecture, around 21:26, April 14, 2016]. Japan Meteorological Agency (dalam bahasa japanese). 2016-04-14. Diarsipkan dari versi asli tanggal 2016-04-17. Diakses tanggal 2016-04-15.Pemeliharaan CS1: Bahasa yang tidak diketahui (link)
^=緊急地震速報の内容 [The contents of the Earthquake Early Warning]. Japan Meteorological Agency (dalam bahasa japanese). 2016-04-14. Diarsipkan dari versi asli tanggal 2016-04-18. Diakses tanggal 2016-04-15.Pemeliharaan CS1: Bahasa yang tidak diketahui (link)
^地震情報(各地の震度に関する情報) [Earthquake Information: Information on the Seismic Activity in Affected Areas] (dalam bahasa Japanese). Japan Meteorological Agency. 2016-04-14. Diarsipkan dari versi asli tanggal 2016-04-14. Diakses tanggal 2016-04-15.Pemeliharaan CS1: Bahasa yang tidak diketahui (link)