Pada tanggal 4 Januari 1997, Suharno dilantik menjadi Kepala Kantor Wilayah Departemen Agama Timor Timur oleh Gubernur José Abílio Osório Soares, menggantikan F.X. Susanto Purbokusumo.[3] Suharno kemudian dipindahkan ke Jakarta untuk memegang jabatan sebagai Direktur Urusan Agama Katolik. Ia dilantik untuk jabatan tersebut pada tanggal 21 Oktober 1998, namun harus kembali ke Timor Timur untuk menyelesaikan tugasnya di provinsi tersebut. Untuk sementara, jabatannya tersebut dipegang oleh kepala bagian tata usaha, Ignatius T. Masang. Suharno memulai bertugas sebagai Direktur Urusan Agama Katolik pada awal tahun 1999. Ia memperoleh kenaikan pangkat menjadi brigadir jenderal dan pensiun dari militer pada tahun tersebut. Ia mengakhiri masa jabatannya sebagai Direktur Urusan Agama Katolik pada tanggal 1 September 2000 dan digantikan oleh Ignatius T. Masang.[4]
^Ditjen Bimas Katolik(PDF). Departemen Agama. hlm. 2–3. Diarsipkan dari versi asli(PDF) tanggal 29 Maret 2016.Parameter |url-status= yang tidak diketahui akan diabaikan (bantuan)