Dietil pirokarbonat (DEPC), juga disebut dietil dikarbonat (nama IUPAC), digunakan di laboratorium untuk menonaktifkan enzimRNase di air dan pada peralatan laboratorium. Ia melakukannya dengan modifikasi kovalen residu histidin (paling kuat), lisin, sistein dan tirosin .[1][2]
Air yang diberi perlakuan dengan DEPC (sehingga bebas RNase) digunakan dalam penanganan RNA di laboratorium untuk mengurangi risiko degradasi RNA oleh RNase.
Air biasanya diberi perlakuan dengan DEPC 0,1% (v/v) selama sekurang-kurangnya 2 jam pada 37 °C dan kemudian diautoklaf (minimal 15 menit) untuk menonaktifkan sisa DEPC renik. Inaktivasi DEPC dengan cara ini menghasilkan CO2 dan etanol. Konsentrasi DEPC yang lebih tinggi mampu menonaktifkan RNase dalam jumlah yang lebih besar, tetapi jejak atau produk sampingan yang tersisa dapat menghambat reaksi biokimia lebih lanjut seperti translasi in vitro. Selain itu, modifikasi kimia RNA seperti karboksimetilasi mungkin terjadi ketika terdapat jejak DEPC atau produk sampingannya, mengakibatkan gangguan pemulihan RNA secara utuh bahkan setelah pertukaran dapar (pasca presipitasi).
Air yang diolah dengan DEPC untuk digunakan di laboratorium
DEPC ini tidak stabil dalam air dan rentan terhadap hidrolisis menjadi karbon dioksida dan etanol, terutama dengan adanya nukleofil. Oleh karena alasan ini, DEPC tidak dapat digunakan dengan dapar Tris atau HEPES. Sebaliknya, DEPC dapat digunakan dengan air asin berdapar fosfat (phosphate-buffered saline) atau MOPS.[3] Aturan yang berguna adalah bahwa enzim atau bahan kimia yang memiliki -O:, -N: atau -S: aktif tidak dapat diberi perlakuan dengan DEPC untuk menjadikannya bebas RNase, karena DEPC bereaksi dengan spesies ini. Selain itu, produk degradasi DEPC dapat menghambat transkripsi in vitro.
Derivatisasi DEPC dari histidin juga digunakan untuk mempelajari pentingnya residu histidil dalam enzim. Modifikasi histidin oleh DEPC menghasilkan derivatnya yang terkarbetoksilasi di nitrogen N-omega-2 dari cincin imidazol. Modifikasi DEPC pada histidin dapat dibalik dengan perlakuan menggunakan hidroksilamin 0,5M pada pH netral.
DEPC juga dapat digunakan untuk menyelidiki struktur untai ganda DNA.
Referensi
^Chirgwin, John M; et al. (1979). "Isolation of biologically active ribonucleic acid from sourcesenriched in ribonuclease". Biochemistry. 18 (24): 5294–5299. doi:10.1021/bi00591a005. PMID518835.
^Wolf, Barry; Lesnaw, Judith A.; Reichmann, Manfred E. (1970). "A Mechanism of the Irreversible Inactivation of Bovine Pancreatic Ribonuclease by Diethylpyrocarbonate. A General Reaction of Diethylpyrocarbonate with Proteins". European Journal of Biochemistry. 13 (3): 519–25. doi:10.1111/j.1432-1033.1970.tb00955.x. PMID5444158.
