ChEBI

ChEBI
Konten
Deskripsi	Database kimia
Jenis data	Chemical Entities of Biological Interest
Kontak
Pusat penelitian	European Molecular Biology Laboratory
Laboratorium	European Bioinformatics Institute
Kutipan utama
Akses
Situs web	ChEBI
URL pengunduhan	Downloads
URL layanan web	Web Service
Endpoint Sparql	BIO2RDF
Perangkat
Web	ChEBI Website
Lain-lain
Frekuensi rilis data	bulanan
Kebijakan kurasi	Manually curated

ChEBI adalah singkatan dalam bahasa Inggris dari Chemical Entities of Biological Interest (Entiti kimia yang mempunyai kaitan menarik dengan biologi),^[1]^[2] yaitu suatu database dan ontologi entiti molekuler yang berfokus pada senyawa kimia 'kecil', yang merupakan bagian dari upaya Open Biomedical Ontologies. Istilah "entiti molekuler" ("molecular entity") merujuk kepada apapun, yang berupa "atom, molekul, ion, pasangan ion, radikal, ion radikal, kompleks, konformer, dsb. yang berbeda secdara konstitutional atau isotopik, dapat diidentifikasi sebagai suatu entiti yang bisa dibedakan secara terpisah".^[3] Entiti molekuler ini dapat merupakan produk alamiah ataupun produk sintetik yang memiliki potensi bioaktivitas. Molekul-molekul yang secara langsung dikodekan oleh genom, misalnya asam nukleat, protein dan peptida diturunkan dari pemotongan (cleavage) proteolitik, menurut aturannya tidak dimasukkan ke dalam ChEBI.

ChEBI menggunakan nomenklatur IUPAC, yaitu simbolisme dan terminologi yang dipakai oleh International Union of Pure and Applied Chemistry (IUPAC) dan Nomenclature Committee dari International Union of Biochemistry and Molecular Biology (NC-IUBMB).

Skop dan Akses

Semua data dalam database adalah non-proprietary atau diturunkan dari suatu sumber non-proprietary. Jadi dapat diakses dan tersedia secara bebas bagi semua orang. Lagipula, setiap item data dapat dilacak penuh dan secara eksplisit dirujuk ke sumber asalnya.

Data ChEBI tersedia melalui suatu "public web interface", Web Service dan download.

Lihat pula

Referensi

^ ^a ^b De Matos, P.; Alcantara, R.; Dekker, A.; Ennis, M.; Hastings, J.; Haug, K.; Spiteri, I.; Turner, S.; Steinbeck, C. (2009). "Chemical Entities of Biological Interest: An update". Nucleic Acids Research. 38 (Database issue): D249–54. doi:10.1093/nar/gkp886. PMC 2808869 . PMID 19854951.
^ Degtyarenko, K.; De Matos, P.; Ennis, M.; Hastings, J.; Zbinden, M.; McNaught, A.; Alcantara, R.; Darsow, M.; et al. (2007). "ChEBI: A database and ontology for chemical entities of biological interest". Nucleic Acids Research. 36 (Database issue): D344–50. doi:10.1093/nar/gkm791. PMC 2238832 . PMID 17932057.
^ IUPAC, Compendium of Chemical Terminology, edisi ke-2 ("Buku Emas") (1997). Versi koreksi daring: (2006–) "molecular entity".

Pranala luar

[pmid19854951-1] De Matos, P.; Alcantara, R.; Dekker, A.; Ennis, M.; Hastings, J.; Haug, K.; Spiteri, I.; Turner, S.; Steinbeck, C. (2009). "Chemical Entities of Biological Interest: An update". Nucleic Acids Research. 38 (Database issue): D249–54. doi:10.1093/nar/gkp886. PMC 2808869 . PMID 19854951.

[pmid17932057-2] Degtyarenko, K.; De Matos, P.; Ennis, M.; Hastings, J.; Zbinden, M.; McNaught, A.; Alcantara, R.; Darsow, M.; et al. (2007). "ChEBI: A database and ontology for chemical entities of biological interest". Nucleic Acids Research. 36 (Database issue): D344–50. doi:10.1093/nar/gkm791. PMC 2238832 . PMID 17932057.

[3] IUPAC, Compendium of Chemical Terminology, edisi ke-2 ("Buku Emas") (1997). Versi koreksi daring: (2006–) "molecular entity".

[1]

[2]

[3]