Fransiskan telah menempati sebuah rumah sederhana di kota bernama Santa Maria delle Pugliole, yang didirikan pada tahun 1211 oleh Bernard dari Quintavalle, salah satu anggota pertama Ordo. Pendiri mereka yang terkenal, St. Fransiskus dari Assisi, mengunjungi kota itu pada tahun 1222 untuk berkhotbah kepada penduduk kota itu, yang memicu minat besar terhadap Ordo yang ia dirikan. Atas desakan Paus Gregorius IX, otoritas komune abad pertengahan memberikan properti di mana basilika sekarang dibangun kepada para biarawan pada tahun 1236 untuk dijadikan gereja mereka sendiri. Letaknya di kawasan kota yang dikenal sebagai civitas antiqua rupta (reruntuhan kota tua), di mana sisa-sisa kota Bononia Romawi berada.
Konstruksi dimulai dan selesai pada tahun 1251 sehingga disucikan oleh Paus Inosensius IV. Struktur utama akhirnya selesai pada tahun 1263.[1]
Selama abad ke-18, biara ini menjadi pusat pertunjukan dan studi musik. Paduan suara gadis terkenal bernyanyi di kebaktian gereja, yang disutradarai oleh Friar Giambattista Martini, O.F.M. Conv., seorang komposer terkenal. Di antara banyak muridnya terdapat seorang biarawan komunitas lainnya, Stanislao Mattei, O.F.M. Konv.[2]
Selama pendudukan Italia oleh Tentara Revolusioner Perancis, pada tahun 1796 gereja tersebut dinodai dan biara disita dan digunakan sebagai barak oleh pasukan pendudukan. Karya seni gereja disita dan disebarkan. Gereja ini dipulihkan untuk keperluan keagamaan pada tahun 1842, tetapi kemudian disita lagi selama Perang Kemerdekaan Italia Kedua dan digunakan sebagai gudang militer. Akhirnya dikembalikan kepada Fransiskan pada tahun 1886. Pemugaran gereja ke bentuk aslinya dilakukan di bawah pengawasan Alfonso Rubbiani, seorang ahli pemugaran, dan selesai pada tahun 1919. <nama referensi=BSF />
Arsitektur
Arsiteknya tidak diketahui. Sumber awal menyebutkan Friar Mateo dari Brescia yang merancang gereja tersebut. Hal ini tampaknya menimbulkan kebingungan dengan Giovanni dari Brescia, seorang arsitek terkemuka pada masa itu. Penulis sejarah biara abad ke-14, Bartolomeo dari Pugliole, mencatat bahwa, ketika vaultapse runtuh pada tahun 1254, pekerjaan restorasi diawasi oleh seorang Friar Andrea Maestro della Ghiexia, yang digambarkan sebagai "yang kakinya bengkok".[1]
Meskipun fasadnya Romawi, ini adalah salah satu contoh terbaik arsitektur Gotik Prancis di Italia. Hal ini terlihat pada interior yang memiliki bagian tengah dan dua lorong, pada apse dengan koridor, pada kubah tinggi yang terbagi menjadi enam bagian (seperti di Notre-Dame de Paris) dengan ogival lengkungan, dan dalam penggunaan penopang.
