Museum ini berasal dari koleksi benda-benda seni raja-raja Wangsa HohenzollernKerajaan Prusia pada abad ke-18.[1]Alexander von Humboldt merekomendasikan agar dibuat khusus untuk sektor Mesir, dan benda-benda kuno Mesir pertama mulai dibawa ke Berlin pada tahun 1828 yang saat itu di bawah pemerintahan Raja Frederick William III. Awalnya bertempat di Istana Monbijou, departemen khusus koleksi Mesir kuno ini dipimpin oleh pedagang Trieste Giuseppe Passalacqua (1797-1865). Kemudian ekspedisi Prusia ke Mesir dan Nubia yang dipimpin oleh Richard Richard Lepsius pada tahun 1842-45 membawa koleksi tambahan ke Berlin.