Các đội tại mỗi bảng thi đấu theo thể thức vòng tròn hai lượt đi và về (sân nhà và sân đối phương) để tính điểm xếp hạng, chọn 4 đội vào thi đấu ở vòng chung kết gồm: 3 đội xếp thứ nhất ở mỗi bảng và 1 đội xếp thứ nhì có điểm và chỉ số cao hơn tại ba bảng.
Về thể thức chọn đội xuống hạng: hai đội xếp thứ sáu tại ba bảng mà có điểm, chỉ số phụ thấp hơn sẽ xuống hạng. Tuy nhiên, do CLB Vĩnh Phúc Megastar United không tham dự giải, nên bảng A sẽ không có đội xuống hạng. Đội xuống hạng là đội xếp thứ sáu tại bảng B hoặc C mà có điểm, chỉ số phụ thấp hơn.[3]
Tại vòng chung kết, 4 đội bắt cặp thi đấu loại trực tiếp một trận. 2 đội thắng sẽ thi đấu trận chung kết và được quyền thi đấu ở giải bóng đá hạng nhất quốc gia 2012.[4]
^[b]Do chưa hoàn thiện hợp đồng chuyển giao theo đúng quy định và thời hạn, vì vậy đội bóng Thanh Niên Sài Gòn chưa được phép sử dụng tên Ninh Thuận FC như đề nghị mà vẫn phải sử dụng tên Thanh Niên Sài Gòn cho đến khi các thủ tục được hoàn tất và được Liên đoàn bóng đá Việt Nam chấp thuận.[5]
Nguồn: VFF Quy tắc xếp hạng: 1) Điểm số; 2) Đối đầu trực tiếp; 3) Hiệu số bàn thắng bại; 4) Số bàn thắng; 5) Số bàn thắng sân khách; 6) Bốc thăm; 7) Play-off
Nguồn: VFF Quy tắc xếp hạng: 1) Điểm số; 2) Đối đầu trực tiếp; 3) Hiệu số bàn thắng bại; 4) Số bàn thắng; 5) Số bàn thắng sân khách; 6) Bốc thăm; 7) Play-off
Sân vận động: Sân vận động Chi Lăng Lượng khán giả: 1.500 Trọng tài: Phạm Bá Hòa (Việt Nam) Trợ lý trọng tài: Nguyễn Anh Toàn (Việt Nam) Trợ lý trọng tài: Trần Văn Hải (Việt Nam) Trọng tài bàn: Hoàng Ngọc Hà (Việt Nam)
