За кілька днів до початку війни «Семп» під командуванням командора-підпоручика Владислава Саламона увійшов у морський порт Гель. 1 вересня, у перший день війни, підводний човен вийшов у свій сектор патрулювання за планом Ворека, забезпечуючи оборону польського узбережжя. 2 вересня він атакував німецький есмінець «Фрідріх Ін» однією торпедою, але промахнувся, а есмінець відповів потужною контратакою, завдавши човну пошкодження глибинними бомбами, що спричинило витік води. 3 вересня «Семп» був знову атакований німецьким підводним човномU-14 і отримав ще більше пошкоджень, що спричинило більше витоків на кораблі. Маючи чітко розкрите для противника положення, підводний човен залишив призначений йому сектор і вирушив у напрямку острова Готланд. Протягом наступних кількох днів він перебував в околицях Швеції, його екіпаж намагався власноруч усунути пошкодження, а капітан просив дозволу повернутися на базу для проведення додаткових ремонтних робіт, у чому йому було відмовлено.
13 вересня підводний човен отримав наказ, за яким, якщо можливо, кораблю слід прямувати до Англії, а в іншому випадку бути інтернованим у нейтральному шведському порту. Спочатку екіпаж вирішив відплисти до Англії, але протягом наступних кількох днів стан судна ще більше погіршився: під час занурення в корабель потрапляли серйозні витоки води, а саме занурення займало до 30 хвилин, що неприйнятно довго, якщо човен планує успішно пройти німецькі патрулі на шляху до берегів Британських островів. 15 вересня командир Владислав Саламон вирішив відплисти до Швеції, де 17 вересня підводний човен був інтернованийшведською владою. Наприкінці вересня корабель було знято з озброєння, а його силові установки виведені з ладу.
Після закінчення війни 23 червня1945 року до Швеції прибула польська військова комісія, щоб організувати повернення інтернованих підводних човнів «Семп», «Жбік» і «Рись» до Польщі. 5 вересня підводні човни офіційно повернулися під контроль Польщі, а після ремонтних робіт 21 жовтня залишили Швецію і 25 жовтня досягли польського узбережжя.
30 листопада 1945 року «Семп» був знову офіційно зарахований до складу ВМС Польщі. У 1946 році був переозброєний торпедами та гарматами радянського калібру. У 1959 році підводний човен став навчальним кораблем.
15 вересня 1969 року корабель було знято з експлуатації і згодом утилізовано в 1972 році.