Нижче наведено кладограму, яка показує результати філогенетичного аналізу, представленого Андресом та його колегами в 2014 році. Вони розмістили Dsungaripteridae в межах Dsungaripteromorpha (підгрупи в Azhdarchoidea), сестринського таксону підродини Thalassodrominae. Виявлено, що Dsungaripteridae складаються з двох підродин — Dsungaripterinae і Noripterinae (яка складається лише з видів Noripterus). Їхня кладограма показана нижче.[3]
У 2019 році була опублікована інша топологія, цього разу Келлнером та його колегами. У цьому дослідженні Dsungaripteridae розмістили за межами Azhdarchoidea, у більшій групі Tapejaroidea. Кладограма аналізу наведена нижче.[4]
↑Jaime A. Headden and Hebert B.N. Campos (2014). An unusual edentulous pterosaur from the Early Cretaceous Romualdo Formation of Brazil. Historical Biology: An International Journal of Paleobiology. 27 (7): 1—12. doi:10.1080/08912963.2014.904302. S2CID129306469.
↑Bonaparte, J.F., and Sanchez, T.M. (1975). Restos de un pterosaurio Puntanipterus globosus de la formación La Cruz provincia San Luis, Argentina. Actas Primo Congresso Argentino de Paleontologia e Biostratigraphica2:105-113. [Spanish]