У каналізацію Нью-Йорка потрапила колба з радіоактивною речовиною і розбилася. Черепахи, що мешкають в каналізації, потрапляють під вплив дії мутагенного випромінювання рідини та перетворюються в людиноподібних черепах-підлітків.
Їх знаходить інший мутант-сенсейСплінтер, щур зростом з людину. Сплінтер дає знайденим черепахам імена Мікеланджело, Донателло, Рафаель і Леонардо і виховує в дусі східних єдиноборств.
Друзями їх стають молода рудоволоса журналістка Ейпріл О'Ніл і Кейсі Джонс, месник і винищувач нечисті. Тепер головне завдання чотирьох героїв — перемогти підступного лиходія-ніндзя Ороку Сакі, відомого як Шреддер.
Спочатку фільм хотіли зняти повністю за мотивами мультсеріалу 1987—1996 років.
У всіх фільмах, крім четвертого («TMNT: Черепашки-ніндзя», 2007 рік), відсутня комп'ютерна анімація. Самі черепашки виконані акторами в костюмах з аніматронними масками. Однак дитяча аудиторія з радістю прийняла такий сімейний фільм.
У ролі головного з підлітків, які перебувають в армії Шреддера, зіграв Сем Роквелл.