12 переможців першого раунду та 28 найкращих за рейтингом ФІФА збірних Африки були розбиті на 10 груп по 4 команди і грали за коловою системою в два кола. Переможці груп вийшли до третього раунду. Матчі проводилися з 1 червня 2012 по 10 вересня 2013 років.
Жеребкування
Склади кошиків для жеребкування були сформані на основі рейтингу ФІФА на липень 2011 року.
↑ФІФА зарахувала Ботсвані перемогу з рахунком 3–0, оскільки Ефіопія використала на полі Міняхіла Беєне, який не мав права участі у цій грі. Сама ж гра закінчилася перемогою Ефіопії з рахунком 2–1[1][2].
↑ абДругий і третій домашні матчі Центральноафриканської Республіки у другому кваліфікаційному раунді проти Південної Африки та Ефіопіїпроводилися на нейтральних полях через політичну нестабільність у країні[3][4].
↑ФІФА зарахувала Кабо-Верде перемогу з рахунком 3–0, оскільки Екваторіальна Гвінея використала на полі Еміліо Нсуе, який не мав права участі у цій грі. Сама ж гра закінчилася перемогою Екваторіальної Гвінеї з рахунком 4–3[5].
↑ФІФА зарахувала Кабо-Верде перемогу з рахунком 3–0, оскільки Екваторіальна Гвінея використала на полі Еміліо Нсуе, який не мав права участі у цій грі. Сама ж гра закінчилася перемогою Кабо-Верде з рахунком 2–1[5].
↑ФІФА зарахувала Тунісу перемогу з рахунком 3–0, оскільки Кабо-Верде використало на полі Фернанду Варелу, який не мав права участі у цій грі, оскільки був вилучений у грі проти Екваторіальної Гвінеї 24 березня 2013 року і отримав чотирьохматчеву дискваліфікацію[6]. Сама ж гра закінчилася перемогою Кабо-Верде з рахунком 2–0[7].
↑ФІФА зарахувала Замбії перемогу з рахунком 3–0, оскільки Судан використав на полі Саїфа Алі, який не мав права виступу у цій грі. Сама ж гра закінчилася перемогою Судану з рахунком 2–0[8][9].
↑ФІФА зарахувала Конго перемогу з рахунком 3–0, оскільки Буркіна-Фасо використало на полі Ерве Зенге, який не мав права участі у цій грі. Сама ж гра закінчилася нічиєю 0–0[10].
↑ФІФА зарахувала Нігеру перемогу з рахунком 3–0, оскільки Габон використав на полі Чарлі Муссоно, який не мав права участі у цій грі. Сама ж гра закінчилася нічиєю 0–0[11][12].
↑Перший домашній матч Лівії у другому кваліфікаційному раунді проти Камеруну був зіграний на нейтральному полі. Існувала вимога щодо проведення гри без глядачів з міркувань безпеки, але офіційний протокол матчу зазначає наявність незначної кількості гладачів на матчі[15].
↑ФІФА зарахувала Камеруну перемогу з рахунком 3–0, оскільки Того використало на полі Алексіса Ромао, який не мав права участі у цій грі. Сама ж гра закінчилася перемогою Того з рахунком 2–0[16][17].
↑Місце проведення домашньої гри Лівії проти Того був перенесений з Бенгазі на стадіон 11 червня у Триполі через небезпеку масових заходів у Бенгазі[18].
↑ абСенегал був змушений проводити два заключні матчі другого кваліфікаційного раунду проти Анголи та Уганди на нейтральних полях через однорічну заборону приймати домашні ігри за рішенням КАФ унаслідок заворушень під час матчу відбору на Кубок африканських націй 2013 проти Кот-д'Івуару[19][20].
↑ФІФА зарахувала Анголі перемогу з рахунком 3–0, оскільки Ліберія використала на полі Натаніеля Шермана, який не мав права участі у цій грі. Сама ж гра закінчилася перемогою Анголи з рахунком 4–1[21].