Френсіс Фукуяма доволі уважно стежить за подіями в Україні ще з часів Помаранчевої революції. У вересні 2013 року, за два місяці до Євромайдану, він був у Києві і під час однієї зі своїх лекцій з глибоким розчаруванням говорив про провал демократичних перетворень в Україні, наслідком яких стало президентство Віктора Януковича. «Українці один раз уже здивували світ своїм прагненням змін в 2004 році, а коли трапився провал, вони здивували світ ще раз у 2014 році. В цьому сенсі, це величезний потенціал, який тепер потрібно спрямувати на те, щоб змусити чиновників і політиків працювати як єдина політична система» (з інтерв'ю Мустафі Найєму). В серпні 2014 року, після Революції гідності, відзначив: «Насамперед, я був вражений тим, що громадянське суспільство в Україні не здалось після провалу Помаранчевої революції. Ви зберегли і посилили свою здатність до самоорганізації і створення тиску на владу. Люди в країні не втратили прагнення до кращої влади»[4].
У серпні 2016 відвідав Львів, де виступив із публічною лекцією[5].
2022 рік
У 2022 році Фукуяма чи не щотижня давав інтерв'ю про Україну. Він є науковим керівником програми Ukrainian Emerging Leadership у Стенфорді[6].
5 вересня, інтерв'ю «Україна є джерелом натхнення для всього вільного світу», для спецпроєкту НАЗК «Ukraine Now. Візія майбутнього»[10], запитання Вікторія Козаченко, ведучий заступник Голови НАЗК Олександр Стародубцев[11], який рік був учнем Фукуями[12] у Стенфорді[13][6][14]. 21 вересня це інтерв'ю з'явилося в колонці Української правди[15].
7 вересня, Odesa Film Studio, про контрнаступ на півдні[16].
2023 рік
В травні 2023 року Френсіс став одним з амбасадорів нового напряму «Гуманітарне розмінування» проєкту United24.[17][18]