Заснований 1912 року в Далмації, яка входила до Австро-Угорської імперії. Першим президентом став Луджа Мадирацца.
По завершенні Першої світової війни відновив свою діяльність під назвою «Славен», під якою виступав до 1990 року, а потім змінив назву на «Трогір». В югославський період виступав у регіональних змаганнях, а після отримання Хорватією незалежності — у Третій лізі національного чемпіонату. З 1994 по 1997 рік виступав у південній зоні Другої ліги Хорватії, а з 2007 року — в об'єднаній Другій лізі.
У сезоні 2009 року зіграв 7 матчів у Третій лізі Хорватії (зона «Південь»), після чого через фінансові труднощі знаявся з чемпіонату. У листопаді того ж року створено новий клуб під назвою «Трогір 1912». До складу керівництва клубу увійшла фанатська група «Малари». До 2013 року фінансувався за рахунок приватних коштів, без допомоги муніципальної влади.
