У районі 6 озер і 120 річок. Гідрографічні ресурси на території муніципального району відноситься до басейну Білого моря. Основна річка — Сухона, що протікає з південного заходу району на північний схід. Протяжність річки в районі — 126 км.
1 червня2015 року ліквідовано Вожбальське сільське поселення, його територія увійшла до складу Калінінського сільського поселення; ліквідовано Медведовське сільське поселення, його територія увійшла до складу П'ятовського сільського поселення[4].
Найбільші населені пункти
Нижче подано населені пункти з чисельністю населення понад 1000 осіб:
↑Закон Вологодской области от 01.06.2015 № 3670-ОЗ «О преобразовании некоторых муниципальных образований Тотемского муниципального района, о внесении изменений в закон области „Об установлении границ Тотемского муниципального района, границах и статусе муниципальных образований, входящих в его состав“ и изменения в приложение к закону области „О некоторых вопросах организации и деятельности органов местного самоуправления на территории Вологодской области“»