Скіллачі розпочав свою кар'єру в місцевому «Тулоні» в 1997 році, а рік по тому перейшов до «Монако». Там, щоправда, заграти за першу команду йому не вдалося і після двох років у дублі, Скіллачі було віддано в оренду до другої за рівнем ліги Франції у «Аяччо», з яким він виграв Лігу 2.
У 2002 році новий тренер «Монако» Дідьє Дешам повернув Себастьєна назад в команду, де Скіллачі став одним з основних гравців. З «Монако» він добився перемоги в кубку французької Ліги в 2003 році, а в наступному сезоні забив надважливий гол у матчі чвертьфіналу Ліги Чемпіонів проти «Реала», який дозволив пройти команді в наступний раунд Ліги чемпіонів, а в підсумку зіграти і у фіналі турніру. У вирішальному матчі «Монако» було розгромлено з рахунком 0:3 португальським«Порту». У цьому матчі Себастьєн вийшов на заміну на 72 хвилині.
Після наднизького десятого місця в чемпіонаті і відставки Дешама в 2006 році, Скіллачі підписав чотирирічний контракт з «Ліоном»[4]. Як основний гравець оборони команди, він виграв два чемпіонати Франції поспіль.
Влітку 2008 року за шість мільйонів фунтів перейшов до «Севільї»[5], у якій провів два хороших сезони, зігравши загалом у 69 матчах і забивши 3 голи.
27 серпня2010 року Скіллачі підписав контракт з лондонським«Арсеналом». Дебют француза за лондонський клуб відбувся 11 вересня в домашньому матчі проти «Болтона», виграного з рахунком 4:1. У матчі Ліги Чемпіонів проти белградського«Партизана» після подачі кутового на 83-ій хвилині Себастьєн забив свій перший гол за «Арсенал», який впевнено здобув перемогу з рахунком 1:3. Його перший прем'єр-ліги мети прийшов по А 23 лютого2011 року Скіллачі забив і перший гол в Прем'єр-Лізі у матчі проти «Сток Сіті».
У віці 37 років Себастьєн Скіллачі завершив свою кар"єру футболіста[6].