У 1960-му році, у 34-річному віці, очолив кафедру фтизіатрії КМІ, через два роки здобув науковий ступінь доктора медичних наук, захистивши дисертацію на тему «Клиническая оценка хирургических методов лечения больных туберкулезом легких». У 1964-му році затверджений у вченому званніпрофесора.
З 1965-го по 1970-й рік — проректор з лікувальної роботи КМІ. Паралельно, обіймаючи дві керівні посади в інституті, займався лікувальною роботою — зокрема, за 44 роки праці в інституті виконав понад 1500 торакальних операцій, регулярно проводив консультації хворих Києва, Черкаської та Чернігівської областей[2].
Автор понад 250 наукових робіт, зокрема близько 10 авторських свідоцтв на винаходи та одного з перших у післявоєнній Україні підручника «Туберкульоз», що був перевиданий 5 разів. Науковий керівник та педагог близько 60-ти докторів та кандидатів наук, зокрема Василя Петренка, Василя Мельника, Раду Процюка, Ольги Пікас тощо.
Член редакційних колегій та рад часописів «Лікарська справа» та «Проблеми туберкульозу», відповідальний секретар першого з них. Заступник редактора міжвідомчого збірника «Туберкульоз».
Науковий доробок (частковий)
список наукових робіт
«Лечение больных туберкулезом легких торакопластикой в сочетании со стрептомицином, пенициллином, ПАСК и фтивазидом»: (По материалам клиники туберкулеза КМИ за 6 лет): диссертация на соискание ученой степени кандидата медицинских наук / Киевский ордена Труд. Красного Знамени мед. ин-т им. акад. А. А. Богомольца. — Киев: [б. и.], 1955.
«Коллапсохирургия туберкулеза легких» / Н. С. Пилипчук, канд. мед. наук. — Киев: Госмедиздат УССР, 1960. — 162 с. : ил.
«Объем функциональных исследований и их оценка в связи с показаниями к резекции легкого по поводу туберкулеза» / Кандидаты мед. наук Н. С. Пилипчук, И. М. Слепуха; М-во здравоохранения УССР. Метод. письмо. Киевский ордена Трудового Красного Знамени мед. ин-т им. акад. А. А. Богомольца. — Киев: [б. и.], 1961. — 17 с.
«Клиническая оценка хирургических методов лечения больных туберкулезом легких»: диссертация на соискание ученой степени доктора медицинских наук / М-во здравоохранения УССР. Харьк. мед. ин-т. — Харьков: [б. и.], 1962.
«Переливание крови, плазмы и ее заменителей в комплексном лечении больных туберкулезом легких»: (Метод. письмо): Утв. Учен. советом М-ва здравоохранения УССР 13/VII 1964 г. / М-во здравоохранения УССР. Киевский ордена Трудового Красного Знамени мед. ин-т им. акад. А. А. Богомольца ; Сост. д-р мед. наук, проф. Н. С. Пилипчук, врач И. Н. Лопатюк. — Киев: [б. и.], 1964. — 17 с.
«Хирургия туберкулеза легких и плевры» / Проф. Н. С. Пилипчук. — Киев: Здоров'я, 1965. — 231 с., 7 л. ил. : ил.
«Туберкулез»: [Учебник для мед. ин-тов]. — Киев: Здоров'я, 1968. — 252 с. : ил.
«Резекция легких с применением плазмозамещающих растворов и аутокрови»: (Метод. письмо) / М-во здравоохранения УССР. Киевский мед. ин-т им. акад. А. А. Богомольца. — Киев: [б. и.], 1969. — 19 с.
«Показания и методика инфузионной химиотерапии туберкулеза» [Текст]: (Методическое письмо для врачей-фтизиатров) / Проф. Пилипчук Н. С., доц. Иванюта О. М., д-р мед. наук Ковалив и др.; М-во здравоохранения УССР. Киевский мед. ин-т. Львовский науч.-исслед. ин-т туберкулеза. — Львов: [б. и.], 1970. — 21 с.
«Побочные реакции при лечении туберкулостатическими препаратами, их профилактика и устранение»: (Метод. рекомендации) / Проф. Пилипчук Н. С., проф. Подусовский В. Ф., канд. мед. наук Харченко Е. Ф. и др.; М-во здравоохранения УССР. — Львов: [б. и.], 1972. — 18 с.
«Туберкулез»: [Учебник для мед. ин-тов]. — 2-е изд., перераб. и доп. — Киев: Вища шк., 1973. — 239 с. : ил.
«Атлас резекций легких и пневмонэктомии». — Киев: Здоров'я, 1972. — 159 с.
«Методы неспецифической терапии больных туберкулезом легких»: (Метод. рекомендации) / Проф. Н. С. Пилипчук, доц. О. М. Иванюта, канд. мед. наук Е. Ф. Харченко; М-во здравоохранения УССР. [Киев. мед. ин-т им. акад. А. А. Богомольца]. — Киев: [б. и.], 1973. — 20 с.
«Туберкулемы легких, плевры и средостения» / Н. С. Пилипчук, Е. Ф. Харченко, О. М. Иванюта. — Киев: Здоров'я, 1974. — 136 с., 16 л. ил.
«Внутривенная химиотерапия больных туберкулезом»: Метод. рекомендации / Проф. Н. С. Пилипчук, д-р мед. наук О. М. Иванюта, канд. мед. наук Е. Ф. Харченко; М-во здравоохранения СССР. — Москва: [б. и.], 1974. — 13 с.
«Внутривенная антибактериальная терапия при заболеваниях туберкулезом и заболеваниями легких» / Н. С. Пилипчук, О. М. Иванюта. — Киев: Здоров'я, 1975. — 136 с., 6 л. ил.
«Туберкулез»: [Учебник для мед. ин-тов] / Н. С. Пилипчук. — 3-е изд., перераб. и доп. — Киев: Вища школа, 1977. — 311 с. : ил.
«Медицинская реабилитация после операций на легких». — Киев: Здоров'я, 1978. — 166 с.
«Применение гепарина в комплексном лечении больных туберкулезом и неспецифическими заболеваниями легких»: Метод. рекомендации / М-во здравоохранения УССР ; [Сост. Н. С. Пилипчуком, Г. А. Подлесных]. — Киев: б. и., 1979. — 11 с.
«Диагностика и методы коррекции нарушений гемодинамики малого круга у больных туберкулезом и неспецифическими заболеваниями легких»: (Метод. рекомендации) / М-во здравоохранения УССР; [Сост. Н. С. Пилипчук и др.]. — Киев: Б. и., 1985. — 27 с. : граф.
«Оценка состояния и способы коррекции изменений сурфактантов легкого в комплексном лечении больных туберкулезом»: (Метод. рекомендации) / М-во здравоохранения УССР; [Сост. Н. С. Пилипчук и др.]. — Киев: Б. и., 1985. — 18 с.
«Развитие пульмонологии на современном этапе»: Лекция прочит. зав. каф. туберкулеза с курсом пульмонологии Н. С. Пилипчуком на расшир. заседании учен. совета Киев. мед. ин-та им. А. А. Богомольца в актовый день 9 сент. 1985 г. — Киев: Б. и., 1986. — 23,[1] с.
«Коррекция химиотерапии больных туберкулезом легких и хроническим легочным сердцем в зависимости от концентрации антибактериальных препаратов»: Метод. рекомендации / М-во здравоохранения УССР; [Пилипчук Н. С. и др.]. — Киев: Б. и., 1986. — 17 с.
«Болезни органов дыхания» / Н. С. Пилипчук, В. Н. Молотков, Е. В. Андрущенко. — Киев: Вища шк., 1986. — 335,[1] с. : ил.
«Методические рекомендации по лечению больных туберкулезом легких при хроническом алкоголизме» / М-во здравоохранения УССР; [Сост. Н. С. Пилипчук и др.]. — Киев: Б. и., 1986. — 17,[3] с.
«Профилактика, диагностика и лечение заболеваний органов дыхания»: сборник научных трудов / Киевский мед. ин-т им. А. А. Богомольца ; под ред. Н. С. Пилипчука. — Киев: КМИ, 1986. — 222 с.
«Туберкулез»: [Учеб. для мед. ин-тов] / Н. С. Пилипчук. — 4-е изд., перераб. и доп. — Киев: Вища шк., 1987. — 284,[1] с.
«Туберкулезный менингоэнцефалит» / [О. М. Иванюта, Н. С. Пилипчук, В. Г. Назаренко и др.]. — Киев: Здоров'я, 1987. — 124, [2] с. : ил.
«Лечение легочных кровохарканий и кровотечений»: методические рекомендации / Министерство здравоохранения УССР ; составители: Пилипчук Н. С. [и др.]. — Киев: Киевская книжная тип. научной книги, 1987. — 19, [4] с.
«Особенности выявления, диагностики, клинического течения, лечения и профилактики туберкулеза у больных хроническим алкоголизмом»: (Метод. рекомендации) / Киев. мед. ин-т им. А. А. Богомольца; [Сост. Н. С. Пилипчук и др.]. — Киев: Б. и., 1987. — 21,[1] с.
«Аэрозольтерапия при заболеваниях органов дыхания» / Н. С. Пилипчук, Р. Г. Процюк. — Киев: Здоров'я, 1988. — 157,[2] с. : ил.
«Критические состояния в пульмонологии» / [Н. П. Чернобровый, Н. С. Пилипчук, А. С. Бориско и др.]; Под ред. Н. П. Чернобрового и др. — Киев: Здоровья, 1989. — 165,[2] с. : ил.
Авторські свідоцтва на винаходи
1972 — «Аэрозольный ингалятор»
1978 — «Устройство для исследования двигательной функции мерцательного эпителия»
1985 — «Способ лечения туберкулеза легких, отягощенного хроническим алкоголизмом»
1986 — «Способ исследования состояния сурфактанта при туберкулезе легких»
1986 — «Устройство для измерения поверхностного натяжения жидкости»
1988 — «Способ лечения заболеваний легких, сопровождающихся повреждением сурфактанта»