Міністерство було засновано 8 грудня1992 року Законом № 548/1992, який вніс зміни до Закону № 2/1969 про заснування міністерств та інших центральних органів державного управління Чеської Республіки. Цей Закон (зі змінами) визначає основні повноваження Міністерства.
Нинішня штаб-квартира Міністерства знаходиться в Празі. Міністерство має власну непублічну мережу; код міста (+420) 973.
Сфера повноважень
Міністерство оборони є центральним державним органом:
бере участь у розробці військової оборонної політики держави;
розробляє концепцію оперативної підготовки території держави;
пропонує необхідні заходи для забезпечення оборони держави Уряду Чеської Республіки, Раді оборони Чеської Республіки та Президенту Чеської Республіки;
координує діяльність з підготовки до оборони у центральних органів влади, органів управління та самоврядування та юридичних осіб, що мають значення для оборони держави;
організовує та здійснює заходи щодо мобілізації армії Чеської Республіки, ведення обліку громадян, які підлягають призову, та ведення обліку матеріальних засобів, які будуть надані для потреб армії Чеської Республіки під час військової готовності;
організовує призов громадян Чехії на військову службу;
організовує співпрацю з арміями інших держав у рамках європейських структур безпеки;