1962 року під керівництвом академіка О. П. Маркевича захистив дисертацію на здобуття вченого ступеня кандидат біологічних наук (захист в Київському державному університеті) з питань таксономії та біології ряду Copepoda (Веслоногі раки) в басейні Дніпра.
Монченко В. И. 1962. Веслоногие ракообразные (Copepoda) бассейна среднего Днепра: Автореф. дисс. … канд. биол. наук. — Киев. — 20 с.
Монченко В. И. 1989. Свободноживущие циклопообразные (Copepoda Cyclopoida) Понто-Каспийского бассейна (фауна, экология, зоогеографический и морфо-эволюционный анализ, филогения, систематика): Автореф. дисс. … докт. биол. наук. — Киев. — 49 с.
Працевлаштування
Працював у Інституті зоології імені І. І. Шмальгаузена НАН України. Упродовж майже 30 років був завідувачем створеного ним у 1975 році Відділу фауни та систематики безхребетних, близько 15 років також працював заступником директора Інституту з наукової роботи. З 2004 року — головний науковий співробітник зазначеного відділу.
З середини 2000-х протягом декількох років викладав у Київському університеті, читаючи курси «Карцинологія» та «Історія тваринного світу».
Описав 22 нових для науки видів ракоподібних, виділив 7 нових родів і одну підродину.
Протягом близько 40 років входив до складу редакційної колегії монографічної серії «Фауна України». Також був членом редакційної колегії журналу «Вісник зоології».
Монченко В.И. 1968. Новый для фауны Украины отряд ракообразных (Crustacea,Bathynellacea) с описанием нового для науки подвида. Вестник зоологии. 4. C.9-14.
Монченко В.И. 1972. Циклопы (Copepoda,Cyclopoida) грунтовых вод пустыни Кызылкум. Труды Зоологического института АН СССР. 51. С. 78-97.
Монченко В.И.,Таволжанова Т.И. 1976. Концепция биологического вида применительно к систематике циклопид (Crustacea, Cyclopidae). Журнал общей биологии. 4. C. 563-574.
Монченко В.И. 1980. О полифакторной обусловленности перехода циклопов (Crustacea, Cyclopidae) в состояние покоя. Журнал общей биологии. 2. C. 291-297.
Монченко В.И. 1986. Первый эндемичный род веслоногих ракообразных (Copepoda, Cyclopidae) из Каспийского моря. Зоологический журнал. 65 (3). С.333-340.
Monchenko V.I. 1998. The Ponto-Caspian zoogeographic complex of Cyclopoida in the Caspian, Azov and Black Seas. Journal of Marine Systems. 15. P. 421-424.
Monchenko V.I., Von Vaupel Klein J.C. 1999. Oligomerization in Copepoda Cyclopoida as a kind of orthogenetic evolution in the animal kingdom. Crustaceana. 72 (3). P. 241-264.
Monchenko V.I. 2000 . Cryptic species in Diacyclops bicuspidatus (Copepoda: Cyclopoida): evidence from crossbreeding studies. Hydrobiologia. 417. P.101-107.
Grigorovich I., Dovgal I.V., Maclsaac H.J., Monchenko V.I. 2001. Acineta nitocrae: A new suctorian epizootic on nonindigenous harpacticoid copepods, Nitocra hibernica and N.incerta, in the Laurentian Great Lakes. Archiv fur Hydrobiologie. 152 (1). P. 161-176.
Монченко В.И. 2001. О дифференциальной галопатии семейств свободноживущих Copepoda Cyclopoida. Вестник зоологии. 35. 5. С. 3-7.
Monchenko V.I., Samchyshyna L.V. 2009. Conception of Crossed Populations: Application in Cyclopoida Taxonomy. Vestnik zoologii. 43 (3). P. 191-194.
Miracle M., Alekseev V., Monchenko V., Sentandreu V., Vicente E. 2013. Molecular-genetic-based contribution to the taxonomy of the Acanthocyclops robustus group. Journal of Natural History. 47. P. 863-888.
Під керівництвом В. І. Монченка підготовлено і захищено близько 10 дисертацій, присвячених різним групам безхребетних тварин, зокрема він керував дисертаційними роботами таких фахівців:
В. І. Монченко описав 22 нових види копепод, усі з яких є загальновизнаними, також 7 підвидів, 6 родів і підродину цих тварин і, крім того, 2 види і 2 роди евгленових паразитів копепод.