асоціації з 1 по 12 місце представляють по 2 команди;
асоціації з 13 по 56 місце по 1 команді.
Кваліфікація турніру проходить у три етапи за системою плей-оф:
попередній раунд: 46 команд;
перший раунд: 32 команди (23 переможці попереднього раунду та 9 найкращих за рейтингом КАФ);
другий раунд: 16 команд.
У кваліфікаційних раундах для визначення переможця команди зіграють по два матчі: удома та у гостях. Команда, що забиває більше голів за сукупністю двох матчів переходить до наступного раунду. Якщо результат двох матчів буде нічия, то перемагає команда, що забила більше голів на чужому полі. Якщо і це не вирішить рівного результату, то призначаються післяматчеві пенальті. Додатковий час у такому разі не вводиться.[3]
Переможці другого раунду потрапляють до групового етапу Ліги чемпіонів КАФ, а команди-невдахи — до кваліфікаційного плей-оф раунду Кубка Конфедерацій.
На груповому етапі учасники розподілені на 2 групи по 4 команди в кожній. Матчі грають у два круги: дома та в гостях. Дві найкращі команди з кожної групи переходять до стадії плей-офу (півфіналу).
Команди за перемогу отримують 3 очка, за нічию — 1 очко, за поразку — 0 очок.[3]
Якщо остаточному рахунку неможливо визначити найкращі команди за кількість очок, то застосовуються такі правила:
Кількість очок, отриманих у матчах між відповідними командами;
Різниця м'ячів у матчах між відповідними командами;
Голи, забиті в матчах між відповідними командами;
Голи, забиті на чужому полі в матчах між відповідними командами;
Якщо, після застосування критеріїв 1-4 для відповідних команд, дві команди мають однакову кількість очок, то критерії від 1 до 4 повторно застосовуються виключно до матчів між двома зазначеними командами, щоб визначити їх остаточний рейтинг. Якщо і ця процедура не визначить остаточні позиції команд, то застосовуються критерії 6-9;
У раунді брали участь 46 команд, що не отримали путівку до першого раунду. Перші матчі відбулися 12-14 лютого 2016 року, матчі-відповіді — 26-28 лютого 2016 року.
^ 24 травня 2016 року КАФ повідомив, що Віта (Кіншаса) був дискваліфікований за неправомірного гравця в матчі з Мафунзо.[4] Мамелоді Сандаунз було відновлено в Лізі чемпіонів, хоча вони вже зіграли матчі у відбірковому плей-оф раунді Кубка Конфедерацій.
Жеребкування групового етапу відбулося 24 травня 2016 о 14:30 EET (UTC+2) у Каїрі (Єгипет).[5][6] Усі команди були поділені на дві групи по чотири команди.
У кожній групі команди грають одна з одною по 2 матчі: вдома та на виїзді (по круговій системі). Два найкращі команди, що посіли перші місця виходять у плей-оф.
