На мапі 1650 року Гійома де Боплана село Кісниця називається Kouzzenicze, а річка Марківка іменується Kouczeniecze, а село Велика Кісниця — Kouczeniecz. У праці Костянтина Тищенка «Слід тунгусів, маньчжурів і монголів в топоніміці України» відзначається, що KOUCZENicze — «від маньч». Хуǯу — «кланятися в землю». Тобто, назва села збереглася з часів Золотої Орди,[4] хоча пізніше виникла легенда про село, що нібито воно збудоване «на кістках» — Кісниця.
12 червня 2020 року, відповідно до Розпорядження Кабінету Міністрів України від № 707-р «Про визначення адміністративних центрів та затвердження територій територіальних громад Вінницької області», увійшло до складу Городківської сільської громади[6].
19 липня2020 року, в результаті адміністративно-територіальної реформи та ліквідації Крижопільського району, село увійшло до складу Тульчинського району[7].
Пам'ятки, пам'ятники
На роздоріжжі за селом виявлені руїни мусульманського мавзолею XIII століття, тобто ще з часів Золотої Орди. Цю напівзруйновану будівлю місцеві здавна називають «турецькою вежею». В її основі — масивний шестикутник з каменів, які ретельно підігнані один до одного. Є два входи і виходи та чотири «вікна». Вхід та вихід зорієнтовані на південь та захід. Вгорі — залишки купола.[8]
Кі́сниця // Історія міст і сіл Української РСР : у 26 т. / П.Т. Тронько (голова Головної редколегії). — К. : Головна редакція УРЕ АН УРСР, 1967 - 1974 — том Вінницька область / А.Ф. Олійник (голова редколегії тому), 1972 : 788с. — С.352