В 1904 році обладнав броненосець «Орел»[en] першою в світі системою швидкого вирівнювання поперечного нахилу судна (крену). Під його керівництвом були створені перші в РІ транспортні судна, а також суднобудівельні заводи в Комсомольську-на-Амурі і Сєверодвінську. Автор близько 90-та публікацій з гідродинаміки, броньового захисту кораблів та організації суднобудування.
1900–1904 — навчання в Морському інженерному училищі імператора Миколи I. Закінчив його теж з золотою медаллю та занесенням його прізвища на Мармурову дошку пошани училища. Тема диплому — проект нового полегшеного швидкохідного панцирногокрейсера.
1904–1905 — інженер на броненосці «Орел», а згодом учасник походу Другої тихоокеанської ескадри під командуванням Рожественського.
1906 — помічник на будівництві лінкору «Андрій Первозванний».
1908-го Костенко у відряджені до Англії, як спостерігач за будівництвом броненосного крейсера «Рюрик». Володимир входив до «Центрального військово — організаційного бюро» есерів, котрі займалися антиурядовою пропагандою в армії та намагалися організувати збройне повстання. Згідно розповіді самого Костенко Вірі Фігнер, завдяки багаторічній пропаганді на «Рюрику» йому вдалося завести обширну організацію серед матросів. У 1908 році Костенко організував зустріч прибулих до ЛондонуСавінкова, Азефа і Карповича з матросами крейсера Авдєєвим, Поваренковим та Котовим задля переговорів про замах на імператора при очікуваних відвідин ним корабля.
У липні — жовтні 1909-го, перебуваючи у відрядженні в Британії, Костенко звернув увагу конструктора«Титаніку»Томаса Ендрюса на потенційну небезпеку того, що водонепроникні перегородки відсіків судна не доходять до головної палуби. Останній залишив поради В. П. Костенка без уваги, що згодом стало однією з причин загибелі лайнера.
23 березня 1910 — заарештований за революційну діяльність та ув'язнений у Трубецькой бастіон Петропавлівської фортеці, а в липні засуджений на шість років каторги. 19 грудня 1911 — за клопотанням А. М. Крилова та І. К. Григоровича помилуваний Миколою II.
У період 28.08.1917–14.01.1918 Костенко Володимир Полієвктович — Миколаївський міський голова.
1928 — заарештований , 1929 — направлений в Соловецький табір особливого призначення, згодом залучений до роботи в особливих бюро при ОГПУ в Харкові, а потім у Ленінграді. Звільнений у 1931-му.
1932–1941 — керує будівництвом суднобудівних підприємств на Далекому Сході.
У лютому 1941-го року заарештований, невдовзі перевезений з Ленінграду в Златоустівську в'язницю, потім до Челябінська, де в липні 1942 року звільнений. Посмертно реабілітований Військовою Колегією Верховного Суду СРСР 16 листопада 1964.
З 1931 року до кінця життя (з перервою 1941–1942) Костенко був одним з керівників суднопроектного інституту «Проектверфь». З 1948 року також член Науково-технічної ради ЦНДІ ім. академіка Крилова.
Помер Володимир Полієвктович у Ленінграді 14 січня 1956, похований на Серафимівському кладовищі.
Смирнов Г. В. Жизнь и деятельность кораблестроителя В. П. Костенко. — Серия: Альманах «Цитадель». Малая серия. — СПб. Галея Принт, 2000. — 204 с., фото. — ISBN 5-8172-0047-3
