Контиг

Фрагменти, що перекриваються, утворюють контиги, контиги з проміжками відомої довжини утворюють скаффолди

Контиг (від англ. contiguous) — набір сегментів ДНК, що перекриваються, які в сукупності являють собою консенсусну ділянку ДНК[1].

У задачі складання геному контиги — це довгі ділянки ДНК (рядки з нуклеотидів), отримані в процесі складання.[2]

Послідовності

Контиг — це неперервна (не суміжна) послідовність, що виникає внаслідок повторного складання дрібних фрагментів ДНК, створених методом секвенування знизу вгору. Це визначення контигу узгоджується з початковим визначенням Роджера Стадена 1979 року.[3] Стратегія секвенування ДНК знизу вгору передбачає розрізання геномної ДНК на безліч дрібних фрагментів («знизу»), секвенування цих фрагментів, повторне їх складання назад у контиги і, зрештою, у весь геном («вгору»). Оскільки нинішня технологія дозволяє здійснювати пряме секвенування лише порівняно коротких фрагментів ДНК (300—1000 нуклеотидів), перед секвенуванням геномну ДНК слід фрагментувати на невеликі шматочки.[4]

Нині широко використовується технологія «секвенування парних кінців», у якій секвеновано довші фрагменти ДНК однакового розміру.

Див. також

• Складання геному

Примітки

1. Gregory, S. Contig Assembly. Encyclopedia of Life Sciences, 2005
2. Dear, P. H. Genome Mapping. Encyclopedia of Life Sciences, 2005. doi:10.1038/npg.els.0005353.
3. Staden R (1979). A strategy of DNA sequencing employing computer programs. Nucleic Acids Research. 6 (7): 2601—2610. doi:10.1093/nar/6.7.2601. PMC 327874. PMID 461197.
4. Dunham, I. Genome Sequencing. Encyclopedia of Life Sciences, 2005.