Станція відкрита у 1901 році під час будівництва залізничної лінії Київ — Полтава.
Першим начальником станція був селянин Федір Савич Смаглієнко[1].
Станімір Осип у книзі «Моя участь у визвольних змаганнях 1917—1920 роках» згадує станцію Кононівка 1917 року:
«По дорозі до залізничої станції ми стрінули студентський курінь, пізніших Крутянців. Йшли бадьоро і спішно. Були зодягнені різноманітно — в студентських мундурах, солдатських шинелях та з різною зброєю в руках і на раменах. До нас підбіг якийсь гімназист і попросив: «Товаришу, покажіть як ту ґвінтовку нарядить!» Значить, що й студенти перейшли подібний військовий вишкіл як ми, два чи три дні, і необучені спішили на фронт проти наступаючих большевиків. Ми розійшлись, студентський курінь подавсь на північ у сторону Бахмача, а ми завагонувались і від'їхали в напрямі Полтави.
Десь в половині дороги до Полтави до нас долучено сотню піхоти Січових стрільців під командою сотникаРомана Сушка і над ранком на станції Кононівка ми вивагонувались і бойовим порядком рушили до наступу. Сотня Січових стрільців пішла вперед, а ми, артилерія, зайняли позиції на право від залізничого двірця, за невеликим горбком і зараз же відкрили огонь. Бій почався і тривав до пізнього вечора, зате ніч була спокійна.
На другий день, вчасним ранком ворог привітав нас гураґанним огнем. Ґранати і шрапнелі падали на переміну довкола нас, на щастя нікого не ранили. Ми лежали в напруженні біля гармат, чекаючи приказу нашого коменданта, що був на обсерваційному пункті. Зближалось полуднє, бій перед нами кипів, скоростріли клекотіли, а ми все ще мовчали. Нараз відізвався телефон і впав короткий приказ нашого штабскапітана — «віддати гарматну серію з обох орудій на такий, а такий приціл». Ми вистрілили, а по короткій мовчанці штабскапітан зголосив телефоном — «другий стріл розбив большевицьку панцерку, між ворогом метушня, тепер скорий огонь на попередній той самий приціл». — Почалась сильна обопільна стрілянина. Наші Січові стрільці, підбадьорені нашим удачним обстрілом, наперли ще сильніше і большевики подались взад на Полтаву. Під вечір все успокоїлось й ми тріюмфували упоєні побідою. Та не довго ми тішились. — Вночі, 1 лютого 1918 року прийшов алярмуючий наказ такого змісту: «Більшовики зайняли Дарницю і напирають на Київ, залишайте полтавський фронт і просовуйтесь через Дарницю до Києва»[2].
Також відомо про ще один бій між армією УНР і більшовиками: «Тоді ж проходив бій у станції Кононівка, де 180 петлюрівців зіштовхнулись з частиною 1-ї армії Єгорова чисельністю 1100 особового складу, що складалась з донецьких і харківських червоногвардійців»[3]
У 1994 році станція електрифікована в складі лінії Київ — Полтава.
Пасажирське сполучення
На станції зупиняються приміські електропоїзди сполученням Київ — Гребінка[4].
