Заснована прибл. 535 до Р. Х. фокейцями з Малої Азії, що залишили батьківщину після завоювання полководцем Кира, Гарпагом, грецьких міст Малоазійського узбережжя.
Згідно з Геродотом (1:163-167), першопоселенці перебралися на острів Хіос, потім на Кірн (де вони заснували місто Аналію і пробули п'ять років) і, витіснені карфагенянами та [етруски|етрусками]], закріпилися на італійському узбережжі Тірренського моря в країні, званій Енотрія.
Там вони вигнали аборигенів углиб півострова та оселилися на узбережжі.
Спочатку місто називалося Хілея, а потім Елея.
Місто прославилося своїми філософами: Парменідом, засновником елеатської філософської школи, та Зеноном.
З Елеї був також родом філософ — софіст і ритор Алкідамант[en].
В 275 р. до Р.Х. Елея стала союзникомРиму, остаточно ж підкорилася римлянам в 90 до Р. Х.
Була покинута жителями в Середньовіччі через безперервні набіги сарацинів.