Заснований 1926 року, тривалий період часу виступав у регіональних змаганнях Чехословаччини. В елітному дивізіоні країни дебютував 1977 року, в якому зайняв 9-е місце. У вищому дивізіоні виступав протягом 10 років, у 1987 році понизився в класі. Після цього протягом 10 наступних років грав у нижчих дивізіонах чемпіонату Чехословаччини. У 1996 році дебютував у Вищому дивізіоні незалежного чемпіонату Словаччини. Проте дебют виявився не дуже вдалим, оскільки за підсумками сезону «Дубниця» понизилася в класі. Потім клуб балансував між першим та другим дивізіоном словацького чемпіонату. У 2005 році команда фінішувала на 4-у місці, завдяки чому отримала путівку до Кубку Інтертото.
У кубку Інтертото словацький клуб зустрівся з угорським «Вашашем». Поєдинок в Угорщині завершився нульовою нічиєю, а в домашньому матчі «Дубниця» здобула перемогу з рахунком 2:0. Наступним суперником словаків став турецький «Анкараспор», який несподівано вдома поступився «Дубниці» з рахунком 0:4, у виїзному матчі турки намагалися виправити ситуацію, проте здобули мінімальну перемогу (1:0) та вилетіли з турніру. В наступному раунді словацький клуб зустрівся з англійським «Ньюкасл Юнайтед». Дубниця поступилася в обох матчах, 1:3[1] та 0:2[2].