Джон Янг пілотував космічні кораблі: «Джеміні», Аполлон-16 і «Спейс Шаттл»«Колумбія». Джон Янг був у другій трійці астронавтів, які вийшли на селеноцентричну орбіту (навколо Місяця). Джон Янг — дев'ятий астронавт, який спустився на поверхню Місяця.
Перший космічний політ Джон Янг здійснив спільно з Вірджілом Гріссомом на космічному кораблі «Джеміні-3» 23 березня 1965 року. Це був перший пілотований політ американського двомісного корабля за програмою «Джеміні». При поверненні на землю астронавтів чекав неприємний сюрприз: корабель відхилився від заданої траєкторії і приводнився в 84 кілометрах від розрахункової точки. Море було неспокійним, а знайшли їх тільки через півгодини. Незважаючи на всю передполітну підготовку, астронавти на собі відчули, що таке морська хвороба.
Другий політ Янг зробив в ролі командира Джеміні-10, 18-21 липня 1966 року.