1999 року розпочав тренерську роботу в НХЛ. Зокрема виконував обов'язки головного тренера «Нью-Йорк Рейнджерс».
У сезоні 2000–01 виконував обов'язки головного тренера «Тампа-Бей Лайтнінг», здобувши 12 перемог у 43 матчах, клуб не потрапив до плей-оф. Взагалі семирічний період перебування в Тампі один з найкращих в кар'єрі Джона в сезоні 2003–04 команда під його керівництвом здобула Кубок Стенлі. Правда після цього «громовержці» двічі програли в першому раунді плей-оф, а в сезоні 2007–08 взагалі не вийшли у плей-оф, наслідком чого стало звільнення з посади головного тренера.
23 лютого 2009 Джон очолив «Нью-Йорк Рейнджерс» за п'ять сезонів в якому він чотири рази виводив команду до плей-оф, після поразки в серії 1:4 від «Бостон Брюїнс» його було звільнено.
Один сезон він очолював «Ванкувер Канакс». Регулярний сезон команда завершили поза зоною плей-оф і як наслідок знову звільнення з посади.
21 жовтня 2015 Торторелла очолив «Колумбус Блю-Джекетс». За підсумками регулярного чемпіонату НХЛ 2015–16 команда посіла 8-е місце в Столичному дивізіоні. За шість сезонів роботи на чолі «Блю-Джекетс» Джон чолтири рази виводів «сині жакети» в плей-оф але другого раунду команда на проходила.
З сезону 2022–23 очолює команду «Філадельфія Флаєрс».[1] 29 грудня 2023 року Торторелла провів 1500 гру в НХЛ ставши першим американцем, який досяг такого результату.[2] За підсумками першого сезону «льотчики» не вийшли у плей-оф.