2008 року «Десна-2» виступала в аматорському чемпіонаті України, де посіла останнє 5-те місце у своїй групі[1]. У сезоні 2008/09 команда стартувала в Другій лізі чемпіонату України, але вже після 15-го туру знялася зі змагань[2]. Результати її матчів були анульовані (на той момент у команди були 2 перемоги, 1 нічия та 12 поразок).
2016 року «Десну-2» було відроджено. Головним тренером призначено Сергія Бакуна[3]. Навесні 2016 року команда взяла участь у Кубку Чернігівської Прем'єр-ліги. У 1/4 фіналу з рахунком 3:0 «Десна-2» обіграла «Славутич», а у півфіналі програла команді ЮСБ-2 (1:1, за пенальті — 2:3)[4][5].
20 квітня 2017 року команда стартувала в чемпіонаті Чернігівської області. У першому матчі, проведеному в Чернігові на стадіоні «Локомотив», «Десна-2» поступилася «Агродому» з Бахмача з рахунком 0:1[6]. За підсумками сезону команда посіла 12-те місце серед 13 команд чемпіонату області[7][8]. Після виходу «Десни» до Прем'єр-ліги у 2018 році футболісти «Десни-2» поповнили молодіжний та юнацький склади основної команди — учасників чемпіонатів серед команд U-21 і U-19.
