7 лютого 1882 року для «місцевого руху» було відкрито «Berliner Stadteisenbahn» (міську залізницю), а разом з нею і станцію Зоологічний Сад із залом завдовжки 71 метр. Починаючи з 1884 року, на станції, яка була забезпечена другою платформою під залом довжиною 109 метрів, зупинялися також приміські поїзди та поїзди далекого сполучення, що курсували зі сходу на захід[2]. До 1920 року станція розташовувалася в незалежному місті Шарлоттенбург.
До Олімпійських ігор, запланованих на 1936 рік, станцію було докорінно перебудовано і розширено колії далекої залізниці. Будівництво нового залу міжміського поїзда тривало до 1940 року.
Після закриття Ангальтського вокзалу в 1952 став єдиним вокзалом далекого сполучення і головним транспортним вузлом Західного Берліна.
З 2015 року вокзал був відремонтований приблизно на 100 мільйонів євро. На початку 2021 року головний зал загалом був добудований. Щодня станцією користуються близько 100 000 пасажирів.
Berlin S-Bahn S9Шпандау – Весткройц – Гауптбангоф – Александерплац – Остбангоф – Шеневайде – Берлін-Шенефельд Аеропорт
У культурі
Ірландський рок-гурт U2 присвятив вокзалу «Зоологічний Сад» свою пісню «Zoo Station».
На цьому вокзалі відбувається дія книги «Ми, діти з вокзалу Зоо» (de: Wir Kinder vom Bahnhof Zoo[de]), написаної на основі інтерв'ю з Крістіаною Ф. та поставленого за книгою кінофільму.
Станція є місцем дії відомої пісні Big In Japan групи Alphaville, при цьому автор пісні згадує станцію як популярне місце зустрічі наркоманів[4][5].