Vattenmynta är en väldoftande ört, med krypande jordstam, som blir upp till 70 cm hög. Hela växten är kal eller något hårig. Jordstammen bildar utlöpare, varav en del av dessa är ovanjordiska.
Bladen är rundade till spetsigt elliptiska och har oftast tydligt tvär bas. Bladkanterna är helbräddade till grovt naggade eller sågade och har tydliga nerver.
De violetta blommorna sitter i huvudlika klasar i stjälkens topp. Ofta finns det några klasar även i bladvecken strax under toppen. Den närstående arten åkermynta, Mentha avrensisL., har däremot aldrig blommor i stjälkens topp.
Fodret har spetsiga flikar och tydliga nerver. Kronan är hårig med utskjutande ståndare, fyra stycken i var liten delblomma.
SläktetMentha syftar på den grekiska mytologin, där det sades att nymfen Minthe förvandlade sig till en mynta, när hon uppvaktades av guden Pluton. Redan Hippokrates(460 f.Kr. – 370 f.Kr) använde Mentha som namnet på en växt, dock oklart om exakt vilken art.
Artepitetetaquatica är latin och betyder växer vid vatten, av aqua = vatten.