Varianter av sars-cov-2

Coronavirus

sars-cov-2
Denna artikel är en del av
serien om coronavirus:
Olika coronavirus
HCoV-229E · HCoV-NL63 · IBV · MERS-CoV (orsakar mers) · SARS-CoV (orsakar sars) · Sars-cov-2 (varianter)
Covid-19
Pandemin (Europa · Finland · Danmark · Norge · Sverige) – Covid-19 och graviditet · Provtagning · Sjukdomen · Viruset · Postcovid
Egenskaper
Droppsmitta · Fladdermusburna virus · Lunginflammation · Pandemi · Samhällsfarlig sjukdom · Zoonos
Motåtgärder
Covid-19-vaccin · Flockimmunitet · Karantän · Munskydd · Nedstängning · Smittskydd · Social distansering
Sverige
Folkhälsomyndigheten · Krisinformation.se · MSB · Statsepidemiolog (Anders Tegnell) · Coronakommissionen
Internationellt
EMA · WHO (internationellt hälsonödläge)

Varianter av sars-cov-2 är genetiska varianter av viruset sars-cov-2 som orsakar sjukdomen covid-19. De flesta ändringar som spelat större roll har varit av typen missense-mutationer, som leder till att en aminosyra byts ut mot en annan.

Vissa varianter är eller tros vara av särskild betydelse på grund av deras ökad smittsamhet,[1] ökad virulens eller minskad effektivitet av vaccin.[2][3]

Den 31 maj 2021 offentliggjorde Världshälsoorganisationen ett nytt system för namngivning av varianter, baserat på det grekiska alfabetet. Syftet var att förenkla kommunikation till allmänheten och undvika stigmatiserande namn utifrån var varianter först upptäcktes.[4]

Sammanfattning

De första tillgängliga virala SARS-CoV-2-genomen samlades in från patienter i december 2019, och kinesiska forskare jämförde dessa tidiga genom med fladdermus- och pangolin-coronavirus-stammar för att uppskatta den ursprungliga coronavirus-typen; den identifierade släktgenomtypen benämndes som "S", och dess dominerande härledda typ benämndes som "L" för att återspegla de muterade förändringarna i aminosyran. Västerländska forskare genomförde oberoende analyser men benämnde ursprungsvarianten som "A" och den härledda typen som "B". B-typen muterades till ytterligare typer inklusive B.1, som är ursprungstypen till de globala varianterna av särskild betydelse, märkt 2021 av WHO som alfa-, beta-, gamma-, delta- och omikron-varianterna.

Följande tabell visar information och risknivå för varianter av särskild betydelse och av särskilt intresse.[5][6][7][8][9] Intervallen antar en 95% konfidens- eller trovärdighetsnivå om inget annat anges.

Relativ risk nivå:   Väldigt hög   Hög   Mellan   Låg   Okänd   Eliminerad

Identifikation Uppkomst Kliniska förändringar i förhållande till den variant som först identifierades i Wuhan Neutraliserande antikroppsaktivitet (eller effekt när tillgänglig)
WHO benämning[9] PANGOLIN variant[10] Nextstrain klad[11][12] Första utbrott Tidigaste prov Förklarad som en variant av särskild betydelse Cirkulation just nu?[när?] Särskilda mutationer Smittsamhet Sjukhusvistelse Dödlighet Efter naturlig infektion (risk för återinfektion) Från vaccination
Delta B.1.617.2 21A Indien okt 2020 6 maj 2021[13] Nej L452R, T478K, P681R[12] +97% (76–117%)[14] +85% (39–147%) relativt till Alfavarianten[15] +137% (50–230%) Återinfektioner inträffade, med mindre förekomst än vaccinerade infektioner[16] Effektminskning för icke-svår sjukdom[16][17][a]
Omikron B.1.1.529 21K Sydafrika 9 nov 2021[18] 26 nov 2021[19] Ja P681H, N440K, N501Y, S477N och flera andra[20] Eventuellt ökad risk[19] −57% (59–61%) relativt till Delta.[21][22] −63% (69–74%) relativt till Deltavarianten.[23] Kraftigt ökad smittsamhet[24] Reducerad risk för symtomatisk sjukdom, okänd mot svår sjukdom
Alfa B.1.1.7 20I (V1) Storbritannien 20 sep 2020[25] 18 dec 2020[26] Nej 69–70del, N501Y, P681H[27][28] +29% (24–33%)[29] +52% (47–57%)[b] +59% (44–74%) Minimal minskning[31] Minimal minskning
Gamma P.1 20J (V3) Brasilien nov 2020 15 jan 2021[32][33] Nej K417N, E484K, N501Y[27] +38% (29–48%)[34][c] Eventuellt ökad risk.[35][d] +50% (20–90%) Reducerad[31] Behålls av många[e]
Beta B.1.351 20H (V2) Sydafrika maj 2020 14 jan 2021[36] Nej K417N, E484K, N501Y[27] +25% (20–30%)[37] Under utredning Eventuellt ökad risk Reducerad T-cellrespons framkallat av D614G-virus förblir effektivt[31][38] Reducerad risk för symtomatisk sjukdom, bibehålls mot svår sjukdom
  1. ^ Måttligt minskad neutralisering med Covaxin.
  2. ^ En annan studie,[30] har uppskattat att B.1.1.7 kan vara ~64% (32–104%) mer dödlig.
  3. ^ Möjligen 50% mer smittsam än Variant B.1.1.7.
  4. ^ Det rapporterade konfidentiella eller trovärdiga intervallet har en låg sannolikhet, så det uppskattade värdet kan bara förstås som möjligt, inte säkert eller troligt.
  5. ^ Förutom Pfizer – BioNTech.

Referenssekvens

Sekvensen WIV04/2019, som tillhör GISAID S kladen / PANGOLIN A kladen / Nextstrain 19B kladen, tros vara den originella sekvensen som smittar människor, känd som "sekvens noll" (sequence zero).[39] Sekvensen WIV04/2019 sekvenserades från en symptomatisk patient den 30 december 2019 och är en referenssekvens.[39] Dock refererar en annan grupp (Sudhir Kumar m.fl.),[40] till NCBI referensgenomet (GenBankID:NC_045512; GISAID ID: EPI_ISL_402125),[41] denna sekvens samlades in den 26 december 2019,[42] dock använde denna gruppen också WIV04 GISAID referensgenomet med (ID: EPI_ISL_402124)[43] i sin analys.[44] Den äldsta sekvensen, Wuhan-1, samlades in den 24 december 2019.[40]

Kriteria för notabilitet

Vissa av de potentiella konsekvenserna av dessa varianter av särskild betydelse är följande:[45][46]

Varianter av särskilt intresse

Alfa: Variant B.1.1.7

Huvudartikel: SARS-CoV-2-Alfa

Varianten upptäckes i oktober 2020 i Storbritannien i ett testprov taget månaden tidigare,[47] tidigare nämnd som Variant Under Investigation in December 2020 (VUI – 202012/01)[48] och som lineage B.1.1.7 eller 20I/501Y.V1 (tidigare 20B/501Y.V1).[49] Den korrelerar med den betydliga ökningen av bekräftade fall av Covid-19 i Storbritannien[när?] och associeras dels med N501Y-mutationen. Det finns vissa belägg som visar att denna varianten har en smittsamhet som är mellan 30 och 70 procent högre än andra mutationer och tidigare studier visar också en ökning i dödlighet.[50] Denna variant har av Världshälsoorganisationen fått beteckningen alfa.[51]

B.1.1.7 med E484K

Variant of Concern 21FEB-02, tidigare benämnd som VOC-202102/02, beskriven av Public Health England som B.1.1.7 med E484K,[52] är av samma variant i PANGO:s nomenklatursystem men har ytterligare en E484K mutation. Sedan den 17 mars 2021 har det bekräftats 39 fall av VOC-21FEB-02 i Storbritannien.[52] Den 4 mars 2021 rapporterade forskare att B.1.1.7 med E484K mutationen hade upptäckts i Oregon i USA. I 13 provtester analyserade hade en sekvens denna kombinationen, som tros ha muterat av sig själv spontant och lokalt – vilket betyder att mutationen inte tros vara importerad.[53][54][55]

Beta: Variant B.1.351

Huvudartikel: SARS-CoV-2-Beta

Den 18 december 2020 upptäcktes variant B.1.351, även kallad 501.V2, 20H/501Y.V2 (tidigare 20C/501Y.V2), eller lineage B.1.351 på engelska,[12] i Sydafrika.[56] Forskare och tjänstemän rapporterade att varianten spreds i större utsträckning bland yngre utan några bakomliggande sjukdomar och till skillnad från andra varianter leder denna varianten till mer allvarliga sjukdomsförlopp i större omfattning.[57] Varianten korrelerar också med den betydliga ökningen av bekräftade fall av Covid-19 i Sydafrika.[56] Denna variant har av Världshälsoorganisationen fått beteckningen beta.[51]

Gamma: Variant P.1

Huvudartikel: SARS-CoV-2-Gamma

Variant P.1 (Lineage P1), upptäcktes i Tokyo den 6 januari 2021. Den upptäcktes först hos fyra personer som anlände i Tokyo efter att ha rest från Amazonas i Brasilien den 2 januari 2021.[58] Den 12 januari 2021 rapporterade Brasiliens folkhälsomyndighet 13 bekräftade fall av varianten i Manaus.[59] Varianten fanns inte i sekvenserade prover från mars till november 2020 men identifierades i 42 % av sekvenserade prover från december 2020.[59] Denna variant har av Världshälsoorganisationen fått beteckningen gamma.[51]

Det har även identifierats en annan variant i Rio de Janeiro, Brasilien, som nu döpts till Variant P.2,[60] som har mutationen E484K. Variant P.2 är inte direkt relaterad till variant P.1 men båda har mutationen E484K.[61]

Delta: Variant B.1.617.2

Huvudartikel: SARS-CoV-2-Delta

Variant B.1.617, kallas även i folkmun "indiska dubbelmutationen",[62] är en mutation som först upptäcktes i Indien runt oktober 2020. I januari 2021 var det endast ett fåtal bekräftade fall av mutationen och fram till april hade mutationen spridits till 20 länder i alla kontinenter förutom antarktis och sydamerika.[60][63][64] Varianten har 15 olika definierade mutationer varav några av spikeproteins-mutationerna P681R, E484Q[65] och L452R,[66] de sista två förenklar virusets möjlighet att undvika antikroppar vilket kan göra vaccin ineffektiva.[67]

Den 15 april meddelade Public Health England (PHE) att varianten kom till att bli "Variant under Investigation", VUI-21APR-01.[68] Undervarianten B.1.617.2 har av Världshälsoorganisationen fått beteckningen delta. Undervarianten B.1.617.1 har fått beteckningen kappa[51]

Andra varianter av intresse

Epsilon: Variant B.1.429 / CAL.20C

Huvudartikel: SARS-CoV-2-Epsilon

CAL.20C[69] identifierades först av forskare i juli 2020 i ett prov av 1 230 prover som samlades in i Los Angeles County. Denna varianten som döpts till variant B.1.429, har mutationen L452R och upptäcktes inte igen innan oktober 2020. I november 2020 stod CAL.20C för 36% av alla sekvenserade prover och i januari 2021 stod varianten för ungefär 50% av alla sekvenserade prover.[70] Varianten har också upptäckts i andra delar av norra Kalifornien. Mellan november och december 2020 ökade varianten från 3% till 25% i alla sekvenserade prover.[71]

Zeta: Variant P.2

Huvudartikel: SARS-CoV-2-Zeta

Variant P.2, är en undervariant av B.1.1.28 likt P.1, som först upptäcktes i staten Rio de Janeiro. Den bär på mutationen E484K men inte på N501Y och K417T.[72] Variant P.2 utvecklades självständigt i Rio De Janeiro utan att vara relaterad till Variant P.1 från Manaus.[73][74]

Varianten döptes av Världshälsoorganisationen till variant Zeta och uppskattas vara en variant av intresse, men inte en variant av särskild betydelse vid detta tillfälle.[75]

Eta: Variant B.1.525

Huvudartikel: SARS-CoV-2-Eta

B.1.525, också benämnd som VUI-21FEB-03,[52] (tidigare VUI-202102/03) av Public Health England (PHE) och tidigare känd som UK1188.[52] Den har inte samma N501Y mutation som återfinns hos B.1.1.7, B.1.351 och P.1, men har samma E484K-mutation som återfinns hos P.1, P.2 och B.1.351. Den har också samma ΔH69/ΔV70 deletion som återfinns hos B.1.1.7, N439K varianterna B.1.141 och B.1.258 samt Y453F varianten Kluster 5.[76] B.1.525 skiljer sig från alla andra varianter genom att ha båda E484K-mutationerna och en ny F888L-mutation som gör en substitution av Fenylalanin (F) och Leucin (L) i S2 domänet av spikeproteinet. Sedan den 5 mars 2021 har den upptäckts i 23 länder såsom: Storbritannien, Danmark, Finland, Norge, Nederländerna, Belgien, Frankrike, Spanien, Nigeria, Ghana, Jordanien, Japan, Singapore, Australien, Kanada, Tyskland, Italien, Slovenien, Österrike, Schweiz, Malaysia, Irland och USA.[77][78][79][80][81][82][83] Den har också upptäckts i Mayotte.[77] De första fallen av varianten upptäcktes i december 2020 i Storbritannien och Nigeria och sedan den 15 februari har den upptäckts främst i Nigeria.[80] Sedan den 24 februari 2021 har 56 fall bekräftats i Storbritannien.[84] Danmark som sekvenserar alla sina Covid-19-fall har hittat 113 fall av denna varianten mellan 14 januari till den 21 februari 2021, varav 7 av dessa är direkt kopplade till resor till Nigeria.[78] Denna variant har av Världshälsoorganisationen fått beteckningen Eta.[51]

Experter i Storbritannien studerar varianten för att förstå hur stor risk den kan ha på människan. Den är idag klassificerad som en variant av intresse men kan komma att bli en variant av särskild betydelse.[75]

Theta: Variant P.3

Huvudartikel: SARS-CoV-2-Theta

Den 18 februari 2021 rapporterade Filippinernas hälsomyndighet att de upptäckt två nya mutationer av Covid-19 i Centrala Visayas efter provtester från patienter skickats för att genomgå en genomsekvensering. Mutationerna visade sig sedan vara E484K och N501Y som upptäcktes i 37 av 50 provtester. Båda mutationerna existerade i samma provsvar hos 29 av dessa 37 provtesterna. Det fanns inga officiella namn för dessa varianterna och den fulla sekvensen hade inte identifierats ännu vid tillfället.[85]

Den 13 mars rapporterade Filippinernas hälsomyndighet att mutationen består av en variant som döptes till Variant P.3.[86] Samma dag bekräftade även landet sitt första fall av P.1 i landet. Även om P.1- och P.3-varianterna kommer från samma ursprungsvariant, B.1.1.28, sade hälsomyndigheten att Variant P.3:s påverkan på vacciners effektivitet var okänd. Sedan den 13 mars har Filippinerna bekräftat 98 fall av P.3.[87] Den 12 mars upptäcktes varianten i Japan.[88][89] Den 17 mars upptäckte Storbritannien sina första två fall,[90] Public Health England döpte varianten till VUI-21MAR-02.[91] Den 30 april 2021 upptäckte Malaysia 8 fall av P.3 i Sarawak.[92] Denna variant har av Världshälsoorganisationen fått beteckningen theta.[51]

Jota: Variant B.1.526

Huvudartikel: Sars-cov-2 jota

I november 2020 upptäcktes en muterad variant i New York som döptes till B.1.526.[93] Sedan den 11 april 2021 hade varianten upptäckts i 48 stater och 18 länder. Varianten följer samma mönster som B.1.429, dock kunde B.1.526 få snabbt fotfäste i vissa stater men under våren 2021 dominerade B.1.1.7 i USA och denna varianten stod för en väldigt liten del av de sekvenserade proverna.[94] Denna variant har av Världshälsoorganisationen fått beteckningen Iota.[51]

Kappa: Variant B.1.617.1

Huvudartikel: SARS-CoV-2-Kappa

Variant B.1.617.1 är en av tre undervarianter från Variant B.1.617. Varianten upptäcktes först i Indien i december 2020.[95] I slutet av mars 2021 stod Kappa-varianten för närmare hälften av alla sekvenserade fall från Indien.[96] Den 1 april 2021 förklarades varianten som en variant under utredningen (VUI-21APR-01) av Public Health England.[97]

Variant B.1.1.207

Varianten sekvenserades först i Nigeria,[98] denna varianten har en P681H mutation, vilket även återfinns i Storbritanniens B.1.1.7. Den delar inga andra mutationer med B.1.1.7 och sedan slutet av december 2020 står denna variant för ungefär 1% av alla sekvenserade fall i Nigeria.[99] Sedan maj 2021 har varianten upptäckts i 10 länder.[100]

Variant B.1.620

I mars 2021 upptäcktes denna varianten i Litauen och döptes därefter till B.1.620. Forskare lyckats identifiera 23 olika mutationer varav 4 är av särskilt intresse. Den bär på en E484K-mutation,[101] D614G[102] och P681H samt S477N.[103]

Andra varianter av intresse

  • Variant B.1.618 – I oktober 2020 isolerades denna varianten för första gången. Den har E484K-mutationen som den sydafrikanska varianten (B.1.351) också har, B.1.618 står för de flesta sekvenserade fallen i Västbengalen.[104][105] Sedan den 23 april 2021 har CoV-Lineages-databasen rapporterat 135 sekvenser identifiera i Indien, med endast en handfull av fall i åtta andra länder.[106]
  • Variant B.1.1.318 – Varianten klassificerades av PHE som en VUI (Variant Under Investigation) - (VUI-21FEB-04,[107] tidigare VUI-202102/04) den 24 februari 2021. Totalt har 16 fall av varianten upptäckts i Storbritannien.[107][108]
  • Variant B.1.1.317 – Medan variant B.1.1.317 inte är klassificerad som en Variant av särskild betydelse, Queensland Health tvingade två personer till karantän i Brisbane, Australien i ytterligare fem dagar mer än de 14 dagar som krävs eftersom de blivit smittade med denna varianten.[109]
  • Den 29 maj 2021 upptäckte forskare i Vietnam en ny, mer smittsam, variant av COVID-19-viruset som kan vara en blandning av varianten först upptäckt i Storbritannien och Indien.[110]

Överföring mellan arter

Kluster 5

Huvudartikel: Kluster 5

I början av november 2019 upptäcktes Kluster 5, också kallad ΔFVI-spike av danska Statens Serum Institut (SSI), i Nørrejylland i Danmark. Mutationen tros ha spridits från minkar till människor genom minkfarmar. Den 4 november meddelade den danska regeringen att alla minkar i landet skulle avlivas och grävas ner för att förebygga en spridning av denna mutationen och ytterligare mutationer. En nedstängning av flera kommuner infördes i Nørrejylland och den 5 november hade det upptäckts runt 214 mink-relaterade smittofall bland människor.[111]

SSI varnade att mutationen kunde minska effekten av Covid-19-vaccin som var under utveckling men var inte trolig att göra de värdelösa. Den 19 november 2020 meddelade SSI att kluster 5 med största sannolikhet dött ut.[112]

Särskilda missense-mutationer

N440K

Denna mutationen har observerats i cellkulturer att vara tio gånger mer smittsam än den tidigare A2a-stammen.[113] Den är delaktig i det snabbt ökande antalet bekräftade fall av Covid-19 i Indien.[114] Indien har den högsta andelen av N440K-muterade varianterna följt av USA och Tyskland.[115]

L452R

Namnet på mutationen, L452R, hänvisar till ett utbyte där leucinet (L) är utbytt med arginin (R) i position 452.[116]

Det har funnits en betydande ökning av bekräftade covid-19 fall i Indien, dels på grund av B.1.617, även, men felaktigt, känd som en "dubbel mutant". L452R är en relevant mutation i denna stam som förstärker ACE2 receptor-bindande funktionen och kan reducera vaccinstimulerade antikroppar från att angripa detta förändrade spikeprotein.

Studier visar att L452R kan göra coronaviruset resistent mot T-celler, som är en klass av celler som är nödvändiga för att identifiera och förstöra virus-smittade celler. Dessa är annorlunda från de antikroppar som är hjälpfulla med att blockera coronavirus-partiklar och förebyggandet av förökning av dessa partiklar inuti kroppen.[63]

S477G/N

En flexibel region i receptorbindande domänet (Rbd) av SARS-CoV-2, från rest 475 ända upp till rest 485, identifierades med hjälp av bioinformatik och statistiska metoder i flertal studier.[117] Position S477 har den högsta flexibiliteten.[118]

E484K

Namnet på mutationen, E484K, hänvisar till ett utbyte där glutaminsyra (E) är utbytt med lysin (K) i position 484.[119] Den är döpt till "Eeek".[120]

Mutationen E484K ser ut att undvika några av de antikroppar i coronavirusets spike-protein, eller ”taggar”, som ett vaccin eller tidigare sjukdom bildar. Därmed kan varianten minska vaccinernas effektivitet.

E484Q

Namnet på mutationen, E484Q, hänvisar till ett utbyte där glutaminsyra (E) är utbytt med glutamin (Q) i position 484.[119]

Indien ser en betyande ökning av bekräftade fall av covid-19 från början av 2021 vilket delvis kan förklaras av B.1.617. E484Q kan förstärka ACE2 receptorbindande funktionen och vilket kan reducera vaccin-stimulerade antikroppar från att angripa detta förändrade spikeprotein.[63]

N501Y

Namnet på mutationen, N501Y, hänvisar till ett utbyte där asparaginet (N) är utbytt med tyrosin (Y) i aminosyrapositionen 501.[121] N501Y har döpts till "Nelly".[120]

N501Y har några genetiska skillnader i det så kallade spikeproteinet, denna mutation och andra visar att spikeproteinet kan förändras utan att förstöra virusets förmåga att spridas vidare. Mutationen påverkar liganden på grund av dess position inuti lipidhöljets proteiners receptor-bindande domän som behövs för att bindas till ACE2 hos människans celler. Denna mutationen återfinns hos Variant P.1 i Brasilien/Japan,[122] Variant of Concern 202012/01 i Storbritannien, Variant 501.V2 i Sydfarika och COH.20G/501Y i Columbus, Ohio.[123]

D614G

D614G-mutationen förändrade coronavirusets spike-protein, eller ”taggar”, och gjorde att viruset kunde öka sin spridning. Idag är det den vanligaste formen av coronaviruset i Europa.

P681H

I januari 2021 rapporterade forskare i en preprint att mutationen 'P681H', har ett karakteristisk särdrag från SARS-CoV-2 varianterna upptäckta i Storbritannien (B.1.1.7) och Nigeria (B.1.1.207), och påvisar en exponentiell ökning i världen, likt 'D614G' som också kan påvisas runt i världen idag.[124][125]

P681R

Namnet på mutationen, P681R, hänvisar till ett utbyte där prolinet (P) är utbytt med arginin (R) i position 681.[126]

Indiska SARS-CoV-2 Genomics Consortium (INSACOG) har upptäckt att utöver de två mutationerna E484Q och L452R finns det en tredje signifikant mutation, P681R i B.1.617. Alla tre mutationerna är på spikeproteinet, den delen av coronaviruset som binder sig fast på receptor-bindande cellerna i kroppen.[63]

A701V

Enligt lokala rapporter från Malaysias hälsomyndighet, den 23 december 2020 upptäcktes en mutation i SARS-CoV-2 genomet som de döpte till A701B(sic). Mutationen rapporterades vara lik mutationerna som hittats i Sydafrika, Australien och Nederländerna, dock var det oklart om denna mutationen var mer smittsam eller aggressiv än tidigare.[127]

A701V-mutationen har aminosyran alanin som är substituerad med valin i position 701 i spikeproteinet. Globalt har Sydafrika, Australien, Nederländerna och England också rapporterat A701V runt samma tidpunkt som Malaysia.[128] I GISAID förekommer denna mutationen i ca. 0,18% av alla fall.[128]

Den 14 april 2021 rapporterade "Kementerian Kesihatan Malaysia" att den tredje vågen, som startat i Sabah, introducerade varainter med D614G- och A701V-mutationer.[128]

N439K

Mutationen upptäcktes för första gången under våren 2020 i Skottland där den tros ha sitt ursprung.[129] Forskare tror att denna mutationen kan vara mer smittsam än den variant som först upptäcktes i Wuhan, Kina.[130] Forskare tror även att denna variant kan leda till att de vaccin som tagits fram kan ha en försämrad effekt.[131][132][133][134] Denna mutation och andra visar att spikeproteinet kan förändras utan att förstöra virusets förmåga att spridas vidare. Forskare har också sedan tidigare visat att denna mutation är åtminstone immun mot en slags antikropp som smittade människor kan producera.[135]

Nya varianter av särskilt intresse

Den 29 maj 2021 upptäckte forskare i Vietnam en ny, mer smittsam variant av Covid-19-viruset som kan vara en blandning av varianterna först upptäckta i Indien och Storbritannien.[136]

Ursprung av varianter

Forskare har antytt att flera mutationer kan få sitt ursprung hos patienter som lider av immunsuppresion under en pågående infektion av covid-19.[137][138][139]

Se även

  • RaTG13, den närmsta släktingen till SARS-CoV-2

Referenser

  1. ^ Shahhosseini, Nariman; Babuadze, George (Giorgi); Wong, Gary; Kobinger, Gary P. (2021/5). ”Mutation Signatures and In Silico Docking of Novel SARS-CoV-2 Variants of my Concern” (på engelska). Microorganisms 9 (5): sid. 926. doi:10.3390/microorganisms9050926. https://www.mdpi.com/2076-2607/9/5/926. Läst 22 maj 2021. 
  2. ^ ”Coronavirus variants and mutations: The science explained” (på brittisk engelska). BBC News. 6 januari 2021. https://www.bbc.com/news/science-environment-55404988. Läst 22 maj 2021. 
  3. ^ KupferschmidtJan. 15, Kai; 2021; Pm, 4:55 (15 januari 2021). ”New coronavirus variants could cause more reinfections, require updated vaccines” (på engelska). Science | AAAS. https://www.sciencemag.org/news/2021/01/new-coronavirus-variants-could-cause-more-reinfections-require-updated-vaccines. Läst 22 maj 2021. 
  4. ^ ”WHO announces simple, easy-to-say labels for SARS-CoV-2 Variants of Interest and Concern” (på engelska). www.who.int. https://www.who.int/news/item/31-05-2021-who-announces-simple-easy-to-say-labels-for-sars-cov-2-variants-of-interest-and-concern. Läst 6 juni 2021. 
  5. ^ CDC (11 februari 2020). ”Coronavirus Disease 2019 (COVID-19)” (på amerikansk engelska). Centers for Disease Control and Prevention. https://www.cdc.gov/coronavirus/2019-ncov/variants/variant-info.html. Läst 27 maj 2021. 
  6. ^ ”Variants: distribution of cases data” (på engelska). GOV.UK. https://www.gov.uk/government/publications/covid-19-variants-genomically-confirmed-case-numbers/variants-distribution-of-cases-data. Läst 27 maj 2021. 
  7. ^ ”PANGO lineages”. cov-lineages.org. https://cov-lineages.org/global_report.html. Läst 27 maj 2021. 
  8. ^ Innovation, Agency for Clinical (25 maj 2021). ”Living Evidence - SARS-CoV-2 variants” (på engelska). Agency for Clinical Innovation. Arkiverad från originalet den 16 april 2021. https://web.archive.org/web/20210416012757/https://aci.health.nsw.gov.au/covid-19/critical-intelligence-unit/sars-cov-2-variants. Läst 27 maj 2021. 
  9. ^ [a b] ”Tracking SARS-CoV-2 variants” (på engelska). www.who.int. https://www.who.int/activities/tracking-SARS-CoV-2-variants. Läst 6 juni 2021. 
  10. ^ ”PANGO lineages”. cov-lineages.org. https://cov-lineages.org/lineages.html. Läst 21 mars 2021. 
  11. ^ ”Nextstrain” (på engelska). nextstrain.org. https://nextstrain.org/. Läst 21 mars 2021. 
  12. ^ [a b c] CDC (11 februari 2020). ”Coronavirus Disease 2019 (COVID-19)” (på amerikansk engelska). Centers for Disease Control and Prevention. https://www.cdc.gov/coronavirus/2019-ncov/variants/variant-info.html. Läst 6 juni 2021. 
  13. ^ ”SARS-CoV-2 variants of concern and variants under investigation in England - Technical briefing 10”. Public Health England. 7 maj 2021. https://assets.publishing.service.gov.uk/government/uploads/system/uploads/attachment_data/file/984274/Variants_of_Concern_VOC_Technical_Briefing_10_England.pdf. Läst 6 juni 2021. 
  14. ^ Campbell, Finlay; Archer, Brett; Laurenson-Schafer, Henry; Jinnai, Yuka; Konings, Franck; Batra, Neale (2021-06-17). ”Increased transmissibility and global spread of SARS-CoV-2 variants of concern as at June 2021”. Eurosurveillance 26 (24): sid. 2100509. doi:10.2807/1560-7917.ES.2021.26.24.2100509. ISSN 1025-496X. PMID 34142653. PMC: 8212592. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC8212592/. Läst 27 november 2021. 
  15. ^ ”SARS-CoV-2 Delta VOC in Scotland: demographics, risk of hospital admission, and vaccine effectiveness”. Lancet. 14 juni 2021. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC8201647/. Läst 26 april 2024. 
  16. ^ [a b] ”Risk assessment for SARS-CoV-2 variant: Delta”. Public Health England. 23 juli 2021. https://assets.publishing.service.gov.uk/government/uploads/system/uploads/attachment_data/file/1005395/23_July_2021_Risk_assessment_for_SARS-CoV-2_variant_Delta.pdf. Läst 27 november 2021. 
  17. ^ ”Weekly epidemiological update on COVID-19 - 20 July 2021” (på engelska). www.who.int. https://www.who.int/publications/m/item/weekly-epidemiological-update-on-covid-19---20-july-2021. Läst 27 november 2021. 
  18. ^ Callaway, Ewen (2021-11-25). ”Heavily mutated Omicron variant puts scientists on alert” (på engelska). Nature. doi:10.1038/d41586-021-03552-w. https://www.nature.com/articles/d41586-021-03552-w. Läst 27 november 2021. 
  19. ^ [a b] ”Classification of Omicron (B.1.1.529): SARS-CoV-2 Variant of Concern” (på engelska). www.who.int. https://www.who.int/news/item/26-11-2021-classification-of-omicron-(b.1.1.529)-sars-cov-2-variant-of-concern. Läst 27 november 2021. 
  20. ^ ”SARS-CoV-2 variants of concern and variants under investigation in England, technical briefing 29”. Public Health England. 26 november 2021. https://assets.publishing.service.gov.uk/government/uploads/system/uploads/attachment_data/file/1036501/Technical_Briefing_29_published_26_November_2021.pdf. Läst 26 november 2021. 
  21. ^ ”Report 50 - Hospitalisation risk for Omicron cases in England” (på brittisk engelska). Imperial College London. http://www.imperial.ac.uk/medicine/departments/school-public-health/infectious-disease-epidemiology/mrc-global-infectious-disease-analysis/covid-19/report-50-severity-omicron/. Läst 21 februari 2022. 
  22. ^ ”Risk assessment for SARS-CoV-2 variant: Omicron VOC-21NOV-01 (B.1.1.529)”. UK Health Security Agency. 22 december 2021. https://assets.publishing.service.gov.uk/government/uploads/system/uploads/attachment_data/file/1043840/22-december-2021-risk-assessment-for-SARS-Omicron_VOC-21NOV-01_B.1.1.529.pdf. Läst 21 februari 2022. 
  23. ^ ”Comparative analysis of the risks of hospitalisation and death associated with SARS-CoV-2 omicron (B.1.1.529) and delta (B.1.617.2) variants in England: a cohort study”. Lancet. 2 april 2022. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC8926413. Läst 26 april 2024. 
  24. ^ ”Risk assessment for SARS-CoV-2 variant Omicron”. Public Health England. 22 december 2021. https://assets.publishing.service.gov.uk/government/uploads/system/uploads/attachment_data/file/1043840/22-december-2021-risk-assessment-for-SARS-Omicron_VOC-21NOV-01_B.1.1.529.pdf. Läst 26 april 2024. 
  25. ^ ”Preliminary genomic characterisation of an emergent SARS-CoV-2 lineage in the UK defined by a novel set of spike mutations” (på engelska). Virological. 18 december 2020. https://virological.org/t/preliminary-genomic-characterisation-of-an-emergent-sars-cov-2-lineage-in-the-uk-defined-by-a-novel-set-of-spike-mutations/563. Läst 27 november 2021. 
  26. ^ [https://assets.publishing.service.gov.uk/government/uploads/system/uploads/attachment_data/file/959438/Technical_Briefing_VOC_SH_NJL2_SH2.pdf ”Investigation of novel SARS-COV-2 variant - Variant of Concern 202012/01”]. Public Health England. 21 december 2020. https://assets.publishing.service.gov.uk/government/uploads/system/uploads/attachment_data/file/959438/Technical_Briefing_VOC_SH_NJL2_SH2.pdf. Läst 6 juni 2021. 
  27. ^ [a b c] CDC (11 februari 2020). ”Coronavirus Disease 2019 (COVID-19)” (på amerikansk engelska). Centers for Disease Control and Prevention. https://www.cdc.gov/coronavirus/2019-ncov/more/science-and-research/scientific-brief-emerging-variants.html. Läst 21 mars 2021. 
  28. ^ [https://assets.publishing.service.gov.uk/government/uploads/system/uploads/attachment_data/file/959438/Technical_Briefing_VOC_SH_NJL2_SH2.pdf ”Investigation of novel SARS-COV-2 variant Variant of Concern 202012/01”]. Public Health England. sid. 6. https://assets.publishing.service.gov.uk/government/uploads/system/uploads/attachment_data/file/959438/Technical_Briefing_VOC_SH_NJL2_SH2.pdf. Läst 21 mars 2021. 
  29. ^ Davies, Nicholas G.; Abbott, Sam; Barnard, Rosanna C.; Jarvis, Christopher I.; Kucharski, Adam J.; Munday, James D. (2021-04-09). ”Estimated transmissibility and impact of SARS-CoV-2 lineage B.1.1.7 in England” (på engelska). Science 372 (6538). doi:10.1126/science.abg3055. ISSN 0036-8075. PMID 33658326. https://science.sciencemag.org/content/372/6538/eabg3055. Läst 6 juni 2021. 
  30. ^ Challen, Robert; Brooks-Pollock, Ellen; Read, Jonathan M; Dyson, Louise; Tsaneva-Atanasova, Krasimira; Danon, Leon (2021-03-10). ”Risk of mortality in patients infected with SARS-CoV-2 variant of concern 202012/1: matched cohort study”. The BMJ 372. doi:10.1136/bmj.n579. ISSN 0959-8138. PMID 33687922. PMC: 7941603. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7941603/. Läst 27 maj 2021. 
  31. ^ [a b c] CDC (11 februari 2020). ”Coronavirus Disease 2019 (COVID-19)” (på amerikansk engelska). Centers for Disease Control and Prevention. https://www.cdc.gov/coronavirus/2019-ncov/variants/variant-info.html. Läst 15 juli 2021. 
  32. ^ ”Confirmed cases of COVID-19 variants identified in UK” (på engelska). GOV.UK. https://www.gov.uk/government/news/confirmed-cases-of-covid-19-variants-identified-in-uk. Läst 6 juni 2021. 
  33. ^ ”NERVTAG: Note on variant P.1, 27 January 2021” (på engelska). GOV.UK. https://www.gov.uk/government/publications/nervtag-note-on-variant-p1-27-january-2021. Läst 6 juni 2021. 
  34. ^ ”SAGE 89 minutes: Coronavirus (COVID-19) response, 13 May 2021” (på engelska). GOV.UK. https://www.gov.uk/government/publications/sage-89-minutes-coronavirus-covid-19-response-13-may-2021/sage-89-minutes-coronavirus-covid-19-response-13-may-2021. Läst 27 maj 2021. 
  35. ^ Faria, Nuno R.; Mellan, Thomas A.; Whittaker, Charles; Claro, Ingra M.; Candido, Darlan da S.; Mishra, Swapnil (2021-04-14). ”Genomics and epidemiology of the P.1 SARS-CoV-2 lineage in Manaus, Brazil” (på engelska). Science. doi:10.1126/science.abh2644. ISSN 0036-8075. PMID 33853970. https://science.sciencemag.org/content/early/2021/04/13/science.abh2644. Läst 18 april 2021. 
  36. ^ ”NERVTAG: Brief note on SARS-CoV-2 variants, 13 January 2021” (på engelska). GOV.UK. https://www.gov.uk/government/publications/nervtag-brief-note-on-sars-cov-2-variants-13-january-2021. Läst 6 juni 2021. 
  37. ^ [https://www.ecdc.europa.eu/sites/default/files/documents/COVID-19-risk-related-to-spread-of-new-SARS-CoV-2-variants-EU-EEA-first-update.pdf ”Risk related to the spread of new SARS-CoV-2 variants of concern in the EU/EEA – first update”]. ECDC. 21 januari 2021. https://www.ecdc.europa.eu/sites/default/files/documents/COVID-19-risk-related-to-spread-of-new-SARS-CoV-2-variants-EU-EEA-first-update.pdf. Läst 21 mars 2021. 
  38. ^ ”Weekly epidemiological update on COVID-19 - 22 June 2021” (på engelska). www.who.int. https://www.who.int/publications/m/item/weekly-epidemiological-update-on-covid-19---22-june-2021. Läst 15 juli 2021. 
  39. ^ [a b] Zhukova, Anna; Blassel, Luc; Lemoine, Frédéric; Morel, Marie; Voznica, Jakub; Gascuel, Olivier (0). ”Origin, evolution and global spread of SARS-CoV-2”. Comptes Rendus. Biologies 0 (0): sid. 1–19. doi:10.5802/crbiol.29. Arkiverad från originalet den 21 februari 2021. https://web.archive.org/web/20210221205942/https://comptes-rendus.academie-sciences.fr/biologies/item/CRBIOL_0__0_0_A1_0/. Läst 31 januari 2021. 
  40. ^ [a b] Sudhir Kumar et al. (4 maj 2021). ”An evolutionary portrait of the progenitor SARS-CoV-2 and its dominant offshoots in COVID-19 pandemic”. Molecular Biology and Evolution. https://academic.oup.com/mbe/advance-article/doi/10.1093/molbev/msab118/6257226. Läst 17 maj 2021. 
  41. ^ Fan Wu, Su Zhao, Bin Yu, Yan-Mei Chen, Wen Wang, Zhi-Gang Song, Yi Hu, Zhao-Wu Tao, Jun-Hua Tian, Yuan-Yuan Pei, Ming-Li Yuan, Yu-Ling Zhang, Fa-Hui Dai, Yi Liu, Qi-Min Wang, Jiao-Jiao Zheng, Lin Xu, Edward C Holmes, Yong-Zhen Zhang (3 februari 2020). ”A new coronavirus associated with human respiratory disease in China”. NIH, National Library of Medicine. https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/32015508/. Läst 17 maj 2021. 
  42. ^ Matteo Chiara, David S Horner, Carmela Gissi, Graziano Pesole (19 februari 2021). ”Comparative genomics reveals early emergence and biased spatio-temporal distribution of SARS-CoV-2”. NIH, National Library of Medicine. https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/33605421/. Läst 17 maj 2021. 
  43. ^ Zhengli, Shi et al. (3 februari 2020). ”A pneumonia outbreak associated with a new coronavirus of probable bat origin”. Nature, PMC. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7095418. Läst 17 maj 2021. 
  44. ^ Okada Pilailuk, Buathong Rome, Phuygun Siripaporn, Thanadachakul Thanutsapa, Parnmen Sittiporn, Wongboot Warawan, Waicharoen Sunthareeya, Wacharapluesadee Supaporn, Uttayamakul Sumonmal, Vachiraphan Apichart, Chittaganpitch Malinee, Mekha Nanthawan, Janejai Noppavan, Iamsirithaworn Sopon, Lee Raphael TC, Maurer-Stroh Sebastian. (februari 2020). ”Early transmission patterns of coronavirus disease 2019 (COVID-19) in travellers from Wuhan to Thailand, January 2020”. Euro Surveill. https://www.eurosurveillance.org/content/10.2807/1560-7917.ES.2020.25.8.2000097. Läst 17 maj 2021. 
  45. ^ CDC (11 februari 2020). ”Coronavirus Disease 2019 (COVID-19)” (på amerikansk engelska). Centers for Disease Control and Prevention. https://www.cdc.gov/coronavirus/2019-ncov/science/science-briefs/scientific-brief-emerging-variants.html. Läst 17 maj 2021. 
  46. ^ Contributor, IDSA (2 februari 2021). ”COVID “Mega-variant” and eight criteria for a template to assess all variants” (på amerikansk engelska). Science Speaks: Global ID News. Arkiverad från originalet den 21 april 2021. https://web.archive.org/web/20210421035437/https://sciencespeaksblog.org/2021/02/02/covid-mega-variant-and-eight-criteria-for-a-template-to-assess-all-variants/. Läst 22 maj 2021. 
  47. ^ ”Covid: Nations impose UK travel bans over new variant” (på brittisk engelska). BBC News. 20 december 2020. https://www.bbc.com/news/world-europe-55385768. Läst 31 januari 2021. 
  48. ^ ”PHE investigating a novel variant of COVID-19” (på engelska). GOV.UK. https://www.gov.uk/government/news/phe-investigating-a-novel-variant-of-covid-19. Läst 31 januari 2021. 
  49. ^ ”Coronavirus Disease 2019 (COVID-19)” (på amerikansk engelska). Centers for Disease Control and Prevention. 11 februari 2020. https://www.cdc.gov/coronavirus/2019-ncov/more/science-and-research/scientific-brief-emerging-variants.html. Läst 31 januari 2021. 
  50. ^ ”Coronavirus: UK variant 'may be more deadly'” (på brittisk engelska). BBC News. 22 januari 2021. https://www.bbc.com/news/health-55768627. Läst 31 januari 2021. 
  51. ^ [a b c d e f g] ”Tracking SARS-CoV-2 variants” (på engelska). www.who.int. https://www.who.int/activities/tracking-SARS-CoV-2-variants. Läst 6 juni 2021. 
  52. ^ [a b c d] ”Variants: distribution of cases data” (på engelska). GOV.UK. https://www.gov.uk/government/publications/covid-19-variants-genomically-confirmed-case-numbers/variants-distribution-of-cases-data. Läst 17 maj 2021. 
  53. ^ Mandavilli, Apoorva (5 mars 2021). ”In Oregon, Scientists Find a Virus Variant With a Worrying Mutation” (på amerikansk engelska). The New York Times. ISSN 0362-4331. https://www.nytimes.com/2021/03/05/health/virus-oregon-variant.html. Läst 17 maj 2021. 
  54. ^ Chen, Rita E.; Zhang, Xianwen; Case, James Brett; Winkler, Emma S.; Liu, Yang; VanBlargan, Laura A. (2021-04). ”Resistance of SARS-CoV-2 variants to neutralization by monoclonal and serum-derived polyclonal antibodies” (på engelska). Nature Medicine 27 (4): sid. 717–726. doi:10.1038/s41591-021-01294-w. ISSN 1546-170X. https://www.nature.com/articles/s41591-021-01294-w. Läst 17 maj 2021. 
  55. ^ ”outbreak.info” (på engelska). outbreak.info. https://outbreak.info/. Läst 17 maj 2021. 
  56. ^ [a b] Fink, Sheri (18 december 2020). ”South Africa announces a new coronavirus variant.” (på amerikansk engelska). The New York Times. ISSN 0362-4331. https://www.nytimes.com/2020/12/19/world/south-africa-announces-a-new-coronavirus-variant.html. Läst 31 januari 2021. 
  57. ^ ”Update On Covid-19 (18th December 2020) - SA Corona Virus Online Portal” (på en-ZA). SA Corona Virus Online Portal. Arkiverad från originalet den 4 maj 2021. https://web.archive.org/web/20210504151326/https://sacoronavirus.co.za/2020/12/18/update-on-covid-19-18th-december-2020/. Läst 31 januari 2021. 
  58. ^ ”Japan finds new coronavirus variant in travelers from Brazil” (på engelska). Japan Today. https://japantoday.com/category/national/corrected-update-3-japan-finds-new-coronavirus-variant-in-travellers-from-brazil. Läst 31 januari 2021. 
  59. ^ [a b] ”Genomic characterisation of an emergent SARS-CoV-2 lineage in Manaus: preliminary findings” (på engelska). Virological. 12 januari 2021. https://virological.org/t/genomic-characterisation-of-an-emergent-sars-cov-2-lineage-in-manaus-preliminary-findings/586. Läst 31 januari 2021. 
  60. ^ [a b] ”PANGO lineages”. cov-lineages.org. Arkiverad från originalet den 28 april 2021. https://web.archive.org/web/20210428155052/https://cov-lineages.org/lineages/lineage_P.2.html. Läst 31 januari 2021. 
  61. ^ Voloch, Carolina M.; F, Ronaldo da Silva; Almeida, Luiz G. P. de; Cardoso, Cynthia C.; Brustolini, Otavio J.; Gerber, Alexandra L. (2020-12-26). ”Genomic characterization of a novel SARS-CoV-2 lineage from Rio de Janeiro, Brazil” (på engelska). medRxiv: sid. 2020.12.23.20248598. doi:10.1101/2020.12.23.20248598. ISSN 2024-8598. https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.12.23.20248598v1. Läst 31 januari 2021. 
  62. ^ ”Dubbelmutationen har kommit till Europa: Extra orolig”. Aftonbladet. https://www.aftonbladet.se/a/aPn4lM. Läst 18 april 2021. 
  63. ^ [a b c d] Koshy, Jacob (8 april 2021). ”Coronavirus | Indian ‘double mutant’ strain named B.1.617” (på Indian English). The Hindu. ISSN 0971-751X. https://www.thehindu.com/news/national/indian-double-mutant-strain-named-b1617/article34274663.ece. Läst 17 maj 2021. 
  64. ^ ”India's variant-fuelled second wave coincided with spike in infected flights landing in Canada” (på kanadensisk engelska). torontosun. https://torontosun.com/news/local-news/indias-variant-fuelled-second-wave-coincided-with-spike-in-infected-flights-landing-in-canada. Läst 18 april 2021. 
  65. ^ Shrutirupa (17 april 2021). ”IS THIS COVID – 20? | Double Mutant Strain Explained” (på amerikansk engelska). Self Immune. https://selfimmune.com/2021/04/17/double-mutant-strain-explained/. Läst 18 april 2021. 
  66. ^ ”'Double mutant': What are the risks of India's new Covid-19 variant” (på brittisk engelska). BBC News. 25 mars 2021. https://www.bbc.com/news/world-asia-india-56517495. Läst 18 april 2021. 
  67. ^ Haseltine, William A.. ”An Indian SARS-CoV-2 Variant Lands In California. More Danger Ahead?” (på engelska). Forbes. https://www.forbes.com/sites/williamhaseltine/2021/04/12/an-indian-sars-cov-2-variant-lands-in-california-more-danger-ahead/. Läst 18 april 2021. 
  68. ^ ”Confirmed cases of COVID-19 variants identified in UK” (på engelska). GOV.UK. https://www.gov.uk/government/news/confirmed-cases-of-covid-19-variants-identified-in-uk. Läst 18 april 2021. 
  69. ^ ”Local COVID-19 Strain Found in Over One-Third of Los Angeles Patients” (på amerikansk engelska). Local COVID-19 Strain Found in Over One-Third of Los Angeles Patients. Arkiverad från originalet den 31 januari 2021. https://web.archive.org/web/20210131072526/https://www.cedars-sinai.org/newsroom/local-covid-19-strain-found-in-over-one-third-of-los-angeles-patients/. Läst 31 januari 2021. 
  70. ^ Zimmer, Carl (19 januari 2021). ”New California Variant May Be Driving Virus Surge There, Study Suggests” (på amerikansk engelska). The New York Times. ISSN 0362-4331. https://www.nytimes.com/2021/01/19/health/coronavirus-variant-california.html. Läst 31 januari 2021. 
  71. ^ Weise, Karen Weintraub and Elizabeth. ”New strains of COVID swiftly moving through the US need careful watch, scientists say” (på amerikansk engelska). USA TODAY. https://www.usatoday.com/story/news/health/2021/01/22/covid-new-virus-mutations-but-vaccines-fight-outbreak/4216815001/. Läst 31 januari 2021. 
  72. ^ Voloch, Carolina M.; F, Ronaldo da Silva; Almeida, Luiz G. P. de; Cardoso, Cynthia C.; Brustolini, Otavio J.; Gerber, Alexandra L. (2020-12-26). ”Genomic characterization of a novel SARS-CoV-2 lineage from Rio de Janeiro, Brazil” (på engelska). medRxiv: sid. 2020.12.23.20248598. doi:10.1101/2020.12.23.20248598. ISSN 2024-8598. https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.12.23.20248598v1. Läst 10 juni 2021. 
  73. ^ ”Genomic characterisation of an emergent SARS-CoV-2 lineage in Manaus: preliminary findings” (på engelska). Virological. 12 januari 2021. https://virological.org/t/genomic-characterisation-of-an-emergent-sars-cov-2-lineage-in-manaus-preliminary-findings/586. Läst 10 juni 2021. 
  74. ^ ”PANGO lineages”. cov-lineages.org. Arkiverad från originalet den 28 april 2021. https://web.archive.org/web/20210428155052/https://cov-lineages.org/lineages/lineage_P.2.html. Läst 10 juni 2021. 
  75. ^ [a b] ”Tracking SARS-CoV-2 variants” (på engelska). www.who.int. https://www.who.int/activities/tracking-SARS-CoV-2-variants. Läst 10 juni 2021. 
  76. ^ name. ”Delta-PCR-testen” (på danska). covid19.ssi.dk. https://covid19.ssi.dk/diagnostik/delta-pcr-testen. Läst 17 maj 2021. 
  77. ^ [a b] ”GISAID - hCov19 Variants”. www.gisaid.org. https://www.gisaid.org/hcov19-variants/. Läst 17 maj 2021. 
  78. ^ [a b] ”Status for udvikling af SARS-CoV-2 Variants of Concern (VOC) i Danmark”. Statens Serum Institut. 27 februari 2021. Arkiverad från originalet den 1 maj 2021. https://web.archive.org/web/20210501072958/https://files.ssi.dk/covid19/virusvarianter/status/status-virusvarianter-27022021-l9k7. Läst 17 maj 2021. 
  79. ^ ”Varianten van het coronavirus SARS-CoV-2 | RIVM”. www.rivm.nl. https://www.rivm.nl/coronavirus-covid-19/virus/varianten. Läst 17 maj 2021. 
  80. ^ [a b] ”Lineage B.1.525”. cov-lineages.org. https://cov-lineages.org/global_report_B.1.525.html. Läst 17 maj 2021. 
  81. ^ Guenot, Marianne. ”A coronavirus variant with a mutation that 'likely helps it escape' antibodies is already in at least 11 countries, including the US” (på amerikansk engelska). Business Insider. https://www.businessinsider.com/virus-variant-in-11-countries-and-may-resist-antibodies-report-2021-2. Läst 17 maj 2021. 
  82. ^ ”En ny variant av koronaviruset er oppdaget i Norge. Dette vet vi.” (på norskt bokmål). www.aftenposten.no. https://www.aftenposten.no/norge/i/0Koll2/en-ny-variant-av-koronaviruset-er-oppdaget-i-norge-hva-vet-vi-om-den. Läst 17 maj 2021. 
  83. ^ Cullen, Paul. ”Coronavirus: Variant discovered in UK and Nigeria found in State for first time” (på engelska). The Irish Times. https://www.irishtimes.com/news/health/coronavirus-variant-discovered-in-uk-and-nigeria-found-in-state-for-first-time-1.4495002. Läst 17 maj 2021. 
  84. ^ ”Variants: distribution of cases data” (på engelska). GOV.UK. https://www.gov.uk/government/publications/covid-19-variants-genomically-confirmed-case-numbers/variants-distribution-of-cases-data. Läst 17 maj 2021. 
  85. ^ News, ABS-CBN (18 februari 2021). ”DOH confirms detection of 2 SARS-CoV-2 mutations in Region 7” (på engelska). ABS-CBN News. https://news.abs-cbn.com/news/02/18/21/doh-to-investigate-2-mutations-of-concern-found-in-cebu. Läst 17 maj 2021. 
  86. ^ ”DOH reports COVID-19 variant ‘unique’ to PH, first case of Brazil variant” (på engelska). cnn. Arkiverad från originalet den 16 mars 2021. https://web.archive.org/web/20210316224353/https://cnnphilippines.com/news/2021/3/13/Philippines-new-COVID-19-variant-Brazil-UK-South-Africa.html. Läst 17 maj 2021. 
  87. ^ News, ABS-CBN (13 mars 2021). ”DOH confirms new COVID-19 variant first detected in PH, first case of Brazil variant” (på engelska). ABS-CBN News. https://news.abs-cbn.com/news/03/13/21/doh-confirms-new-covid-19-variant-first-detected-in-ph-first-case-of-brazil-variant. Läst 17 maj 2021. 
  88. ^ ”PH discovered new COVID-19 variant earlier than Japan, expert clarifies” (på engelska). cnn. Arkiverad från originalet den 17 mars 2021. https://web.archive.org/web/20210317013626/https://www.cnnphilippines.com/news/2021/3/13/PH-COVID-19-variant-Japan.html. Läst 17 maj 2021. 
  89. ^ ”Japan detects new coronavirus variant from traveler coming from PH” (på engelska). cnn. Arkiverad från originalet den 17 mars 2021. https://web.archive.org/web/20210317014108/https://cnnphilippines.com/news/2021/3/13/Japan-detects-new-coronavirus-variant-from-traveler-coming-from-PH.html?fbclid=lwAR2. Läst 17 maj 2021. 
  90. ^ News, ABS-CBN (17 mars 2021). ”UK reports 2 cases of COVID-19 variant first detected in Philippines” (på engelska). ABS-CBN News. https://news.abs-cbn.com/overseas/03/17/21/uk-reports-2-cases-of-covid-19-variant-first-detected-in-philippines. Läst 17 maj 2021. 
  91. ^ ”Variants: distribution of cases data” (på engelska). GOV.UK. https://www.gov.uk/government/publications/covid-19-variants-genomically-confirmed-case-numbers/variants-distribution-of-cases-data. Läst 17 maj 2021. 
  92. ^ ”Covid-19: Sarawak detects variant reported in the Philippines” (på engelska). The Star. https://www.thestar.com.my/news/nation/2021/04/30/covid-19-sarawak-detects-variant-reported-in-the-philippines. Läst 17 maj 2021. 
  93. ^ Mandavilli, Apoorva (24 februari 2021). ”A New Coronavirus Variant Is Spreading in New York, Researchers Report” (på amerikansk engelska). The New York Times. ISSN 0362-4331. https://www.nytimes.com/2021/02/24/health/coronavirus-variant-nyc.html. Läst 17 maj 2021. 
  94. ^ Zimmer, Carl; Mandavilli, Apoorva (14 maj 2021). ”How the United States Beat the Variants, for Now” (på amerikansk engelska). The New York Times. ISSN 0362-4331. https://www.nytimes.com/2021/05/14/health/coronavirus-variants-united-states-of-america.html. Läst 17 maj 2021. 
  95. ^ ”Weekly epidemiological update on COVID-19 - 27 April 2021”. WHO. 27 april 2021. https://www.who.int/docs/default-source/coronaviruse/situation-reports/20210427_weekly_epi_update_37.pdf?sfvrsn=a1ab459c_9&download=true. Läst 10 juni 2021. 
  96. ^ Page, Michael Le. ”Indian covid-19 variant (B.1.617)” (på amerikansk engelska). New Scientist. https://www.newscientist.com/definition/indian-covid-19-variant-b-1-617/. Läst 10 juni 2021. 
  97. ^ ”SARS-CoV-2 variants of concern and variants under investigation in England - Technical briefing 10”. Public Health England. 7 maj 2021. https://assets.publishing.service.gov.uk/government/uploads/system/uploads/attachment_data/file/984274/Variants_of_Concern_VOC_Technical_Briefing_10_England.pdf. Läst 10 juni 2021. 
  98. ^ ”Detection of SARS-CoV-2 P681H Spike Protein Variant in Nigeria” (på engelska). Virological. 23 december 2020. https://virological.org/t/detection-of-sars-cov-2-p681h-spike-protein-variant-in-nigeria/567. Läst 31 januari 2021. 
  99. ^ ”Detection of SARS-CoV-2 P681H Spike Protein Variant in Nigeria” (på engelska). Virological. 23 december 2020. https://virological.org/t/detection-of-sars-cov-2-p681h-spike-protein-variant-in-nigeria/567. Läst 31 januari 2021. 
  100. ^ ”PANGO lineages”. cov-lineages.org. Arkiverad från originalet den 27 januari 2021. https://web.archive.org/web/20210127172920/https://cov-lineages.org/lineages/lineage_B.1.1.207.html. Läst 17 maj 2021. 
  101. ^ ”Unidentified coronavirus strain found in eastern Lithuania” (på engelska). lrt.lt. 20 april 2021. https://www.lrt.lt/en/news-in-english/19/1391882/unidentified-coronavirus-strain-found-in-eastern-lithuania. Läst 17 maj 2021. 
  102. ^ ”The travel-related origin and spread of SARS-CoV-2 B.1.620 strain” (på engelska). News-Medical.net. 11 maj 2021. https://www.news-medical.net/news/20210511/The-travel-related-origin-and-spread-of-SARS-CoV-2-B1620-strain.aspx. Läst 10 juni 2021. 
  103. ^ Welle (www.dw.com), Deutsche. ”COVID-19: African variant reveals sequencing lag | DW | 19.05.2021” (på brittisk engelska). DW.COM. https://www.dw.com/en/covid-19-african-variant-reveals-sequencing-lag/a-57586318. Läst 10 juni 2021. 
  104. ^ Koshy, Jacob (21 april 2021). ”Coronavirus | New virus lineage found in West Bengal” (på Indian English). The Hindu. ISSN 0971-751X. https://www.thehindu.com/sci-tech/health/new-coronavirus-variant-found-in-west-bengal/article34373083.ece. Läst 17 maj 2021. 
  105. ^ ”What is the new 'triple mutant variant' of Covid-19 virus found in Bengal? How bad is it?” (på engelska). India Today. https://www.indiatoday.in/amp/science/story/what-is-triple-mutant-variant-of-covid19-virus-bengal-strain-details-1793991-2021-04-22. Läst 17 maj 2021. 
  106. ^ ”PANGO lineages”. cov-lineages.org. Arkiverad från originalet den 14 maj 2021. https://web.archive.org/web/20210514093826/https://cov-lineages.org/lineages/lineage_B.1.618.html. Läst 17 maj 2021. 
  107. ^ [a b] ”Variants: distribution of cases data” (på engelska). GOV.UK. https://www.gov.uk/government/publications/covid-19-variants-genomically-confirmed-case-numbers/variants-distribution-of-cases-data. Läst 17 maj 2021. 
  108. ^ ”Confirmed cases of COVID-19 variants identified in UK” (på engelska). GOV.UK. https://www.gov.uk/government/news/confirmed-cases-of-covid-19-variants-identified-in-uk. Läst 17 maj 2021. 
  109. ^ ”Queensland travellers have hotel quarantine extended after Russian variant of coronavirus detected” (på australisk engelska). www.abc.net.au. 3 mars 2021. https://www.abc.net.au/news/2021-03-03/coronavirus-queensland-russian-variant-quarantine/13191524. Läst 17 maj 2021. 
  110. ^ Peltier, Elian; Kolata, Gina (29 maj 2021). ”Vietnam says it has detected a more contagious hybrid of variants first seen in India and Britain.” (på amerikansk engelska). The New York Times. ISSN 0362-4331. https://www.nytimes.com/2021/05/29/world/vietnam-new-covid-variant.html. Läst 10 juni 2021. 
  111. ^ ”Detection of new SARS-CoV-2 variants related to mink”. ECDC. 12 november 2020. https://www.ecdc.europa.eu/sites/default/files/documents/RRA-SARS-CoV-2-in-mink-12-nov-2020.pdf. Läst 31 januari 2021. 
  112. ^ ”De fleste restriktioner lempes i Nordjylland” (på danska). sum.dk. http://sum.dk/nyheder/2020/november/de-fleste-restriktioner-lempes-i-nordjylland. Läst 31 januari 2021. 
  113. ^ Tandel, Dixit; Gupta, Divya; Sah, Vishal; Harshan, Krishnan Harinivas (2021-04-30). ”N440K variant of SARS-CoV-2 has Higher Infectious Fitness” (på engelska). bioRxiv: sid. 2021.04.30.441434. doi:10.1101/2021.04.30.441434. https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2021.04.30.441434v1. Läst 17 maj 2021. 
  114. ^ Bhattacharjee, Sumit (3 maj 2021). ”COVID-19 | A.P. strain at least 15 times more virulent” (på Indian English). The Hindu. ISSN 0971-751X. https://www.thehindu.com/news/national/andhra-pradesh/ap-strain-at-least-15-times-more-virulent/article34474035.ece. Läst 17 maj 2021. 
  115. ^ ”Hyderabad: Mutant N440K 10 times more infectious than parent strain - Times of India” (på engelska). The Times of India. https://timesofindia.indiatimes.com/city/hyderabad/mutant-n440k-10-times-more-infectious-than-parent-strain/articleshow/82348011.cms. Läst 17 maj 2021. 
  116. ^ ”What Mutations of SARS-CoV-2 are Causing Concern?” (på engelska). News-Medical.net. 15 januari 2021. https://www.news-medical.net/health/What-Mutations-of-SARS-CoV-2-are-Causing-Concern.aspx. Läst 17 maj 2021. 
  117. ^ Innophore. ”Coronavirus SARS-CoV-2 (formerly known as Wuhan coronavirus and 2019-nCoV) – what we can find out on a structural bioinformatics level | Innophore” (på amerikansk engelska). https://innophore.com/2019-ncov/. Läst 17 maj 2021. 
  118. ^ Singh, Amit; Steinkellner, Georg; Köchl, Katharina; Gruber, Karl; Gruber, Christian C. (2021-02-22). ”Serine 477 plays a crucial role in the interaction of the SARS-CoV-2 spike protein with the human receptor ACE2”. Scientific Reports 11. doi:10.1038/s41598-021-83761-5. ISSN 2045-2322. PMID 33619331. PMC: 7900180. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7900180/. Läst 17 maj 2021. 
  119. ^ [a b] ”What Mutations of SARS-CoV-2 are Causing Concern?” (på engelska). News-Medical.net. 15 januari 2021. https://www.news-medical.net/health/What-Mutations-of-SARS-CoV-2-are-Causing-Concern.aspx. Läst 17 maj 2021. 
  120. ^ [a b] Mandavilli, Apoorva; Mueller, Benjamin (2 mars 2021). ”Why Virus Variants Have Such Weird Names” (på amerikansk engelska). The New York Times. ISSN 0362-4331. https://www.nytimes.com/2021/03/02/health/virus-variant-names.html. Läst 17 maj 2021. 
  121. ^ [https://web.archive.org/web/20201225050316/https://www.cogconsortium.uk/wp-content/uploads/2020/12/Report-1_COG-UK_20-December-2020_SARS-CoV-2-Mutations_final_updated2.pdf ”COG-UK update on SARS-CoV-2 Spike mutations of special interest Report 1”]. web.archive.org. COG UK. 25 december 2020. Arkiverad från originalet den 25 december 2020. https://web.archive.org/web/20201225050316/https://www.cogconsortium.uk/wp-content/uploads/2020/12/Report-1_COG-UK_20-December-2020_SARS-CoV-2-Mutations_final_updated2.pdf. Läst 17 maj 2021. 
  122. ^ ”Genomic characterisation of an emergent SARS-CoV-2 lineage in Manaus: preliminary findings” (på engelska). Virological. 12 januari 2021. https://virological.org/t/genomic-characterisation-of-an-emergent-sars-cov-2-lineage-in-manaus-preliminary-findings/586. Läst 31 januari 2021. 
  123. ^ ”Researchers Discover New Variant of COVID-19 Virus in Columbus, Ohio” (på engelska). wexnermedical.osu.edu. https://wexnermedical.osu.edu/mediaroom/pressreleaselisting/new-sars-cov2-variant. Läst 31 januari 2021. 
  124. ^ ”Study shows P681H mutation is becoming globally prevalent among SARS-CoV-2 sequences” (på engelska). News-Medical.net. 10 januari 2021. https://www.news-medical.net/news/20210110/Study-shows-P681H-mutation-is-becoming-globally-prevalent-among-SARS-CoV-2-sequences.aspx. Läst 17 maj 2021. 
  125. ^ Maison, David P.; Ching, Lauren L.; Shikuma, Cecilia M.; Nerurkar, Vivek R. (2021-01-07). ”Genetic Characteristics and Phylogeny of 969-bp S Gene Sequence of SARS-CoV-2 from Hawaii Reveals the Worldwide Emerging P681H Mutation”. bioRxiv. doi:10.1101/2021.01.06.425497. PMID 33442699. PMC: 7805472. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7805472/. Läst 17 maj 2021. 
  126. ^ ”What Mutations of SARS-CoV-2 are Causing Concern?” (på engelska). News-Medical.net. 15 januari 2021. https://www.news-medical.net/health/What-Mutations-of-SARS-CoV-2-are-Causing-Concern.aspx. Läst 17 maj 2021. 
  127. ^ hermesauto (23 december 2020). ”Malaysia identifies new Covid-19 strain, similar to one found in 3 other countries” (på engelska). The Straits Times. https://www.straitstimes.com/asia/se-asia/malaysia-has-identified-new-covid-19-strain-similar-to-one-found-in-3-other-nations. Läst 17 maj 2021. 
  128. ^ [a b c] ”COVID-19 Malaysia Updates” (på engelska). COVID-19 Malaysia. http://covid-19.moh.gov.my/. Läst 17 maj 2021. 
  129. ^ ”Hunt on for future Covid mutations that cause treatments to lose potency” (på engelska). the Guardian. 20 oktober 2020. http://www.theguardian.com/world/2020/oct/20/scientists-on-lookout-for-covid-mutations-which-cause-treatments-to-lose-potency. Läst 23 december 2020. 
  130. ^ ”N439K mutation of SARS-CoV-2 may be more infectious and antibody resistant than Wuhan strain” (på engelska). News-Medical.net. 27 november 2020. https://www.news-medical.net/news/20201127/N439K-mutation-of-SARS-CoV-2-may-be-more-infectious-and-antibody-resistant-than-Wuhan-strain.aspx. Läst 23 december 2020. 
  131. ^ ”N439K mutation of SARS-CoV-2 may be more infectious and antibody resistant than Wuhan strain” (på engelska). News-Medical.net. 27 november 2020. https://www.news-medical.net/news/20201127/N439K-mutation-of-SARS-CoV-2-may-be-more-infectious-and-antibody-resistant-than-Wuhan-strain.aspx. Läst 23 december 2020. 
  132. ^ TT (22 december 2020). ”Ny virusmutation oroar i Danmark”. SVT Nyheter. https://www.svt.se/nyheter/lokalt/skane/ny-virusmutation-oroar-i-danmark. Läst 23 december 2020. 
  133. ^ ”Coronavirus strain that can be less susceptible to vaccine found in Denmark — agency”. TASS. https://tass.com/world/1238695. Läst 23 december 2020. 
  134. ^ Weisblum, Yiska; Schmidt, Fabian; Zhang, Fengwen; DaSilva, Justin; Poston, Daniel; Lorenzi, Julio C. C. (2020-07-22). ”Escape from neutralizing antibodies by SARS-CoV-2 spike protein variants” (på engelska). bioRxiv: sid. 2020.07.21.214759. doi:10.1101/2020.07.21.214759. https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.07.21.214759v1. Läst 23 december 2020. 
  135. ^ Li, Qianqian; Wu, Jiajing; Nie, Jianhui; Zhang, Li; Hao, Huan; Liu, Shuo (2020-09-03). ”The Impact of Mutations in SARS-CoV-2 Spike on Viral Infectivity and Antigenicity” (på english). Cell 182 (5): sid. 1284–1294.e9. doi:10.1016/j.cell.2020.07.012. ISSN 0092-8674. PMID 32730807. https://www.cell.com/cell/abstract/S0092-8674(20)30877-1. Läst 23 december 2020. 
  136. ^ Peltier, Elian; Kolata, Gina (29 maj 2021). ”Vietnam says it has detected a more contagious hybrid of variants first seen in India and Britain.” (på amerikansk engelska). The New York Times. ISSN 0362-4331. https://www.nytimes.com/2021/05/29/world/vietnam-new-covid-variant.html. Läst 6 juni 2021. 
  137. ^ KupferschmidtDec. 23, Kai; 2020; Pm, 2:30 (23 december 2020). ”U.K. variant puts spotlight on immunocompromised patients’ role in the COVID-19 pandemic” (på engelska). Science | AAAS. https://www.sciencemag.org/news/2020/12/uk-variant-puts-spotlight-immunocompromised-patients-role-covid-19-pandemic. Läst 17 maj 2021. 
  138. ^ Sutherland, Stephani. ”COVID Variants May Arise in People with Compromised Immune Systems” (på engelska). Scientific American. https://www.scientificamerican.com/article/covid-variants-may-arise-in-people-with-compromised-immune-systems/. Läst 17 maj 2021. 
  139. ^ McCarthy, Kevin R.; Rennick, Linda J.; Nambulli, Sham; Robinson-McCarthy, Lindsey R.; Bain, William G.; Haidar, Ghady (2021-03-12). ”Recurrent deletions in the SARS-CoV-2 spike glycoprotein drive antibody escape”. Science (New York, N.y.) 371 (6534): sid. 1139–1142. doi:10.1126/science.abf6950. ISSN 0036-8075. PMID 33536258. PMC: 7971772. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7971772/. Läst 17 maj 2021. 

Externa länkar

v • r
Covid-19
Sjukdomen och viruset
Covid-19-pandemin · Miljöeffekter
Covid-19-pandemin i världen  · Europa  · Sverige  · Norge  · Finland
Smitta, sjukdom, följder
Smittskydd och åtgärder
Epidemiologi
Sverige