Pontarlier är känd för sin ur- och likörtillverkning och handel med ost. Den ligger sju kilometer från den schweiziska gränsen vid floden Doubs utmed järnvägslinjen Dijon-Neuchâtael. Sydost om staden ligger det befästa bergspassen La Cluse längs en gammal betydelsefull vägsträckning över Jurabergen.[3]