Onkolit (av grekiska: onko, "tumör", lithos, "sten") är en sedimentär struktur som innehåller skikt av onkoider, centimeterstora kalkkorn som bildats i en varm, marin miljö genom tillväxt av cyanobakterier. Onkoliter är mycket lika stromatoliter, men istället för att bilda kolonner, bildar de ungefär sfäriska strukturer.[1] Onkoiderna bildas ofta runt en central kärna, såsom ett skalfragment,[2] och en kalciumkarbonatstruktur avsätts av mikrober som inkorsar sig. Onkoliter är indikatorer på varmt vatten i den eufotiska zonen, men är också kända i samtida sötvattensmiljöer.[3] Dessa strukturer överstiger sällan 10 cm i diameter.
Onkoliter kan ha antingen en porostromat- eller spongiostromattextur. De flesta onkoliter är spongiostromat, utan någon igenkännbar cellstruktur eller mikrostruktur. Porostromat onkoliter är mestadels okända under prekambrium. Sedan eocen har de mestadels varit begränsade till sötvattenmiljöer.[4]
Uppkomsten av färska eller nästan nya sötvattenonkoider har dokumenterats i två floder i Bayern, Alz, vars källa är Chiemsee, och Moosach, nära Freising.[5][6][7] Moderna onkoider växer också i vissa källor i Atacamaöknen i Sydamerika. I ett särskilt fall har ett system av onkoider observerats på gränsen mellan Salar de Antofalla och en intilliggande våtmark.[8]