I Natural System of Colours (1769-1776) undersökte han Isaac Newtons verk och försökte avslöja den mångfald färger som kan skapas från tre grundfärger. Den publicerades på nytt 1811, denna gång redigerad av Thomas Martyn med dedikation till Royal Academys andre presesBenjamin West. Som naturalist ville Harris förstå sambandet mellan färgerna och hur de kodas och i boken försökte han förklara principerna för hur nya färger kan framställas med rött, gult och blått. Harris visade vad som nu är känt som subtraktiv färgblandning och hans viktigaste observation var att svart uppkommer om man blandar alla tre färgerna.
Harris var också pionjär när det gäller användningen av vingribbornas utformning för insekternas systematik.[11]
Verk
Natural System of Colours (mellan 1769 och 1776)
Natural System of Colours (editerad av Thomas Martyn, London, 1811)
The Aurelian or natural history of English insects (1766, 2 uppl 1775)
The English Lepidoptera, or, the Aurelian's Pocket Companion (1775)
An Exposition of English Insects Including the Several Classes of Neuroptera, Hymenoptera, & Diptera, or Bees, Flies, & Libellulae (1776[-80])