Han var i yngre år mässinggjutare, men började sedan i Wien studera naturvetenskap samt blev 1839 konservator och 1858 direktor för det stora riksmuseet i Leiden. Schlegel ägnade sig nästan uteslutande åt systematiska studier av ryggradsdjuren och ansågs som en av de främsta artkännarna på detta område.
Verk (urval)
Essai sur la physiognomie des serpents (1837)
Revue critique des oiseaux de l’Europé (1844)
Revue méthodique et critique des collections du Museum d’histoire naturelle des Pays-Bas (1862–67)
Recherches sur la faune de Madagascar (1868)
Monographie des Singens (1876)* 1834–1850: Fauna Japonica.
1837–1844: Abbildungen neuer oder unvollstandig bekannter Amphibien: nach der Natur oder dem Leben entworfen.
1857–1858: Handleiding tot de beoefening der dierkunde. 2 vols.
1860–1862: De dieren van Nederland. Gewervelde dieren.
1862–1876: Revue méthodique et critique des collections déposées dans cet établissement. 7 Vols.
1863–1872: De Dierentuin van het Koninklijk Zoologisch Genootschap Natura Artis Magistra te Amsterdam zoölogisch geschetst.
1868: Natuurlijke Historie van Nederland. De vogels.
1870: Natuurlijke Historie van Nederland. De kruipende dieren.
1870: Natuurlijke Historie van Nederland. De zoogdieren.
1870: Natuurlijke Historie van Nederland. De Visschen.
1872: De dierentuin van het Koninklijk Zoölogisch Genootszchap Natura Artis Magistra te Amsterdam. De vogels. De zoogdieren. De kruipende dieren. Met historische herinneringen van P.H. Witkamp.