Inom filosofin är Frankfurt främst känd för sin tolkning av Descartes rationalism. Hans mest inflytelserika arbete handlar om den fria viljan (som han skrivit flera artiklar om) byggd på hans teori om en ”högre ordningens viljeyttringar” med tankeexperiment som visar att en person inte kunde ha handlat annorlunda än vad hen gjorde men att hen ändå intuitivt ter sig som moraliskt ansvarig. Frankfurt är en kompatibilist som utvecklat Humes teori om att vara fri är att göra vad man vill göra. Hans version av kompatibilism har blivit omskriven av många andra. Mer nyligen har han skrivit om bullshit, kärlek och omsorg.