Läffler förestod under ordinarie innehavarens sjukdomhöstterminen 1875 samt vårterminen 1880 till vårterminen 1883 professuren i nordiska språk i Uppsala och utnämndes 1881 till extraordinarie professor i svenska språket där. Från och med höstterminen 1883 och tills han 1904 erhöll avsked, var han tjänstledig på grund av sjukdom. Läffler kan anses vara en av de första i Sverige som ägnat sig åt rent språkvetenskapliga studier i fullt modern mening.
En förbisedd Sigurdsristning. Stockholm. 1890. Libris2886649
Ett gotiskt alfabet, inristadt å en i Upsala museum förvarad sten. Stockholm. 1883. Libris2886650
Den gottländska Taksteinar-sägnen : med ett bihang om några svenska "Talande vapen" på 1200- ock 1300-talen. [& ytterligare meddelanden]. Stockholm. 1903. Libris2886651
Den gottländska Taksteinar-sägnen : föredrag... 1902. Bih. till Personhistorisk tidskrift ; 1904. Stockholm. 1904. Libris2886652
Den gottländska Taksteinar-sägnen : (en svensk mytbildning i nyare tid). Stockholm: Norstedt. 1905. Libris10579897
. Några svenska "talande vapen" : nya meddelanden. Stockholm. 1904. Libris2886653
Hedniska edsformulär i äldre Vestgötalagen. S.l. Libris2886654
En hittills otryckt dikt av Viktor Rydberg. [Stockholm]. 1907. Libris2886655
I rättstafningsfrågan : några ord till försvar och till ytterligare utredning. Stockholm: Norstedt. 1875. Libris1582756
Karl Henrik Karlsson : [nekrolog]. S.l. Libris2886657
En kärleksvisa i Áns saga bogsveigis. Skrifter utg. av Svenska litteratursällskpet i Finland ; 103. Helsingfors. 1911. Libris2886658
Latinska medeltidsinskrifter på vers från Gotland. Stockholm. 1908. Libris2171114
Det nya Skandinavien : en vårhälsning under världsbranden till den skandinaviska nordens fyra folk, danskar, islänningar, norrmän och svenskar av Svensk skandinav. Stockholm. 1917. Libris2886660
Några ljudfysiologiska undersökningar rörande konsonantljuden : första afdelningen : de klusila konsonantljuden. Uppsala universitets årsskrift, 0372-4654 ; 1874 : Philosophi...;[3]. Upsala. 1874. Libris1784746
Några ord om Tegnérs Frithiofs saga och de isländska Fridhjófsrimen. S.l. Libris2886659
Om 1607 års upplaga af Uplandslagen. Uppsala universitets årsskrift, 0372-4654 ; 1880 : Filosofi...;[3]. Upsala. 1880. Libris762666
Om de östskandinaviska folknamnen hos Jordanes : förberedande meddelande. Bidrag, Nyare till kännedom om de svenska landsmålen ; 13 :9. Stockholm. 1894. Libris2886661
Om den fornsvenska hednalagen. Upsala. 1880. Libris1734740
Om dopfunten i Åkirkeby på Bornholm. Stockholm. 1887. Libris2886662
Om konsonantljuden i de svenska allmogemålen. [Stockholm]: [L.F. Leffler]. 1872. Libris414393
Om några underarter av ljóðaháttr : bidrag till den fornnorsk-fornisländska versläran och till textkritiken av Eddasångerna, tillika en studie över Háttatals strof 101. Helsingfors: [Svenska litteratursällskapet]. 1913-1914. Libris3239271
Om ordet styvbroder och därmed närmast besläktade ordbildningar i allmänhet och ett ryktbart historiskt styvbrödrapar i synnerhet. Lund. 1918. Libris2886663
Om Sparlösa-stenen, dess två runinskrifter och dess bildfält. Mariestad. 1906. Libris1722545
Om Sveriges integritet : några svensk-norska spörsmål. Stockholm: Nord. bokh. 1905. Libris1727614
Om v-omljudet af ĭ, ī och ei i de nordiska språken : 1 : om v-omljudet af ĭ framför nasal. Uppsala universitets årsskrift, 0372-4654 ; 1877 : Philosophi...;[2]. Upsala. 1877. Libris1785253
Ordet eld belyst af de svenska landsmålen. Nyare bidrag till kännedom om de svenska landsmålen ock svenskt folkliv, 99-0463501-3 ; 1 :7. Stockholm. 1879. Libris2158299
På 200-årsdagen av Karl den tolvtes död : hymn. Stockholm: Svenska tr.-a.-b. 1918. Libris1655604
Rökstenen och Frithiofs saga. [Stockholm]. 1878. Libris2886665
Släkten Leffler från Breslau. Stockholm: Centraltr. 1925. Libris1487298
Smärre uppsatser i svensk språkforskning. Upsala: [L.F. Leffler]. 1880. Libris407718
De svenska landskapsvapnen i nyare framställningar. Stockholm ... 1909. Libris2886666
De svenska landskapsvapnen ännu en gång. Stockholm ... 1913. Libris2886667
Textkritisk och grammatikalisk behandling af en fornsvensk (forngutnisk) runhandskrift (Liljegren, Run-Urk. Nr 2826). S.l. Libris2886668
Till 700 årsminnet af slaget vid Lena : (31 januari 1208). S.l. Libris2886669
Tillägg till uppsatsen om de svenska landskapsvapnen... : Fr.L-r. [Rubr.]. Stockholm ... 1910. Libris2886670
Versus memoriales latini... : några medeltida Versus memoriales, belysande Sveriges historia. Antiqvarisk Tidskrift för Sverige ; D. 13, nr 2. [Stockholm]. 1896. Libris2886671
Ytterligare om Trolle-vapnet. Stockholm. 1909. Libris2886672
Ännu en svensk myntpräglare, sannolikt hos Olof Skötkonung. S.l. Libris2886673