En fönsterhanterare är ett program som har till uppgift att övervaka och kontrollera andra datorprograms fönster. Termen används ofta i samband med X Window System som används i framförallt Unix och Unixliknande system såsom GNU/Linux, där användaren ofta själv tillåts välja vilken fönsterhanterare denne vill använda. Andra exempel på fönsterhanterare är GEM och tidiga versioner av Windows.
Fönsterhanteraren har vanligtvis som uppgift att ordna fönstrens position, storlek, stackning och mappning på skärmen, vanligtvis genom användarens interaktiva kontroll. Under X Window System är det skärmhanteraren som ansvarar för programfönstrens ramar, titelbalk, knappar och andra ”dekorationer”. Fönsterhanteraren erbjuder ofta också till exempel virtuella skärmar.