Han föddes som Ernest Evan Thompson i South Shields, County Durham i England av skotska föräldrar. Familjen emigrerade till Kanada 1866. Han växte huvudsakligen upp i Toronto. Sedermera försköt han sin far och bytte sitt namn till Ernest Thompson Seton. Seton var ett namn som förekom på hans fars sida av släkten.
Han studerade vid Ontario College of Art och Royal Academy of Painting and Sculpture i London. 1882 återvände han till Kanada och bosatte sig i Manitoba. Han strövade omkring på landsbygden och gjorde sketcher och anteckningar. 1891 gav han ut "Birds of Manitoba". 1898 publicerade han "Wild Animals I Have Known" och den gjorde honom känd.