Han skrev främst lustspel och sångspel. Han är mest känd för librettot till Wolfgang Amadeus Mozarts sångspel Die Zauberflöte (sv. Trollflöjten), som uruppfördes i Wien1791 med Schikaneder själv i rollen som Papageno. Mindre bekant är att Schikaneder skrev en fortsättning till detta stycke, Das Labyrinth oder Der Kampf mit den Elementen. Uppföljaren uruppfördes 1798 med musik av Peter von Winter. Schikaneder grundade teatern "Theater an der Wien" i Wien, en teater som fortfarande finns. Ovanför teaterns gamla entré (numera baksida), kan man se en avbildning i sten av Schikaneder i sin mest kända roll som Papageno.
