Elitserien i innebandy för damer 2005/2006 var den högsta serien i innebandy i Sverige för damer för säsongen 2005/2006. Elitserien bestod av två serier, Elit norra och Elit södra, som vardera bestod av 8 lag. De fyra främsta i varje serie gick vidare till Superelit medan de fyra sämsta gick till Allsvenskan. Samtliga lag i Superelit gick tillsammans med två lag i Allsvenskan vidare till slutspel. Superelit vanns av Balrog B/S IK medan Iksu blev svenska mästare efter slutspelet och finalvinst mot Rönnby IBK med 6-4 i finalen i Globen.
Elit norra
De fyra främsta lagen i varje serie gick vidare till Superelit, medan de övriga gick till Allsvenskan.
Lag 1–4: Superelit.
Lag 5–8: Allsvenskan.
Elit södra
De fyra främsta lagen i varje serie gick vidare till Superelit, medan de övriga gick till Allsvenskan.
Lag 1–4: Superelit.
Lag 5–8: Allsvenskan.
Allsvenskan
Alla lag hade med sig extrapoäng beroende på lagets placering i Elit södra/norra. Lagen på plats 5 fick 3 extrapoäng, de på plats 6 fick 2 extrapoäng och de på plats 7 fick 1 extrapoäng. Lagen som kom sista i sin Elit-serie fick ingen extrapoäng med sig. De två främsta lagen gick vidare till kvartskval medan de två sista lagen flyttades ner en division.
Lag 1–2: Slutspel (kvartskval).
Lag 7–8: Nedflyttade.
3 extrapoäng: IBC Engelholm & IBK Boden
2 extrapoäng: Örnsköldsviks IBK & Södertälje IBK
1 extrapoäng: Ingelstad IBK & IBK Dalen
Superelit
Alla lag hade med sig extrapoäng beroende på lagets placering i Elit södra/norra. Lagen på plats 1 fick 3 extrapoäng, de på plats 2 fick 2 extrapoäng och de på plats 3 fick 1 extrapoäng. Lagen som kom på fjärde plats i sin Elit-serie fick ingen extrapoäng med sig. De sex främsta lagen gick direkt vidare till kvartsfinal medan de två sämsta lagen gick till kvartskval.
Lag 1–6: Slutspel (kvartsfinal).
Lag 7–8: Slutspel (kvartskval).
3 extrapoäng: Balrog B/S IK & Pixbo Wallenstam IBK
2 extrapoäng: Iksu & Rönnby IBK
1 extrapoäng: IBF Falun & Karlstad IBF
Slutspel
Kvartskval
Kvartsfinaler
Semifinaler
Final
Iksu blev svenska mästare 2005/2006.