Copa Sudamericana 2006 var den femte upplagan av turneringen. Alla länder i CONMEBOL skickade representationslag, där alla länder fick två platser var förutom Argentina och Brasilien. Argentina fick sex platser och Brasilien fick 8 platser tilldelade sig. Två lag från Mexiko och ett från Costa Rica bjöds även in till turneringen.
Argentina fick två direktplatser till åttondelsfinalen, dessutom fick de regerande mästarna som också var från Argentina, Boca Juniors, en plats i åttondelsfinalerna. Dessutom fick de tre inbjudna lagen direktplatser till åttondelsfinalerna.
Inledande omgångar
Två inledande omgångar spelades med alla deltagande lag förutom tre lag från Argentina (Boca Juniors, Gimnasia och River Plate), laget från Costa Rica (Alajuelense) samt de två lagen från Mexiko (Toluca och Pachuca). Alla argentinska och brasilianska klubbar som skulle spela de inledande omgångarna fick gå in i den andra inledande omgången.
Första omgången
Andra omgången
Slutspel
Slutspelsträd
Åttondelsfinaler
Kvartsfinaler
Semifinaler
Final
Källor