I september 1946 arresterades Stepinac av den kommunistiska regimen i Jugoslavien och dömdes till 16 års husarrest för förräderi mot den jugoslaviska staten och för sitt samröre med den fascistiska Ustaša-regimen, som styrde den Oberoende staten Kroatien mellan 1941 och 1945.
Påven Pius XII utsåg 1953 Stepinac till kardinalpräst men han kunde aldrig resa till Rom för att ta emot den röda birettan.