Lindegren var son till grosshandlare Thiodolf Lindegren och Rosa Regnander. Han studerade vid Kungliga Tekniska högskolan i Stockholm 1877–1882 och vid Konstakademien i Stockholm 1882–1885. Han erhöll av akademien den hertliga medaljen vid examen. Enligt tidens ideal företog han sedan studieresor till bland annat Frankrike, Tyskland och Italien i olika omgångar under fyra år. Sommaren 1885 arbetade han som sidenmönsterritare i Paris.[7]
Lindegren blev 1885 tjänstgörande arkitekt utom stat vid Överintendentsämbetet[8] (från 1918 Byggnadsstyrelsen) och 1894 utnämnd till slottsarkitekt vid Drottningholms slott.[9] Vidare textade och illustrerade han böckerna Broder Ragnvald och den heliga Catarina, av J. Böttiger (1887), Om Riddaren med Ämbaret (1895) och Due canzoni (1891), översatta av K. Wahlund, samt illustrerade Lilla Brigitteboken (1892), utgiven av H. Wieselgren, Hedvig Eleonoras Drottningholm (1897), av J. Böttiger, samt Les maisons souveraines de l'Europe, av F.U. Wrangel (1898–99), varjämte han tecknade bokband, som utförts av Gustaf Hedberg. Vid Oscar II:s jubileum 1897 var de flesta av de överlämnade svenska adresserna textade och illustrerade av Lindegren. Han etsade även exlibris, karikatyrer samt ett porträtt av professor M. Sondén. Lindegren blev 1899 ledamot av Akademien för de fria konsterna.
År 1911 drabbades han av en hjärnblödning som förlamade högra sidan. Han kunde därefter inte själv utföra något arbete, men han bidrog med råd till restaureringsarbeten på Drottningholms slott. Lindegren är representerad vid bland annat Nationalmuseum i Stockholm.[10] Han är gravsatt i Gustav Vasa kyrkaskolumbarium vid Odenplan Stockholm.[11]