С 1853 года по 1870 год Якутия оформляется в Якутское викариатство Камчатской епархии. Первый епископ Камчатский и Алеутский, святитель Иннокентий (Вениаминов), пребывал в Якутске с 11 сентября 1853 года, а переселившись в Благовещенск в 1860 году оставил за собой викарием епископа Павла (Попова). Официальное учреждение викариатства относится к 11 января 1858 или, по иным сведениям, к 16 ноября 1859 года.
В конце 1869 года в результате многолетних трудов святителя Иннокентия (Вениаминова) был подписан Царский Указ об образовании Якутской епархии.
В годы Гражданской войны епархия временно оказалась без архиерея, так как епископ Евфимий (Лапин), выехавший в Москву на Поместный собор 1917—1918 года, не смог вернуться. Поэтому Омское временное высшее церковное управление поручило в 1919 году временно управлять Якутской епархией Софронию (Арефьеву) (в сентябре 1921 года он был арестован и выслан из епархии)[3]. В конце 1920-х годов в Якутии сложилось обновленческая епархия. В 1927 году обновленец Н. И. Винокуров (якут по национальности) пребывал в Средне-Колымске в сане епископа[4]. Однако якутская епархия была бедной, особенно после того, как советская власть конфисковала Спасский мужской монастырь Якутска. В 1929 году обновленцы назначили якутским архиереем Михаила (Николаева), но он видимо из-за отсутствия средств не поехал дальше Иркутска[5]. В 1930 году у якутских обновленцев было уже два храма и в 1931 году обновленческий Синод включил Якутскую епархию в состав Восточно-сибирской митрополии[6]. Развитие обновленчества шло в Якутии на фоне начавшегося с конца 1920-х годов в Якутии массового закрытия церквей и арестов священнослужителей. В итоге постепенно были ликвидированы все духовные учреждения. Церкви разграблены и осквернены. Церковное имущество и утварь конфискованы. В результате, в 1930-х годах Якутия вновь вошла в состав Иркутской епархии. В 1939 году был закрыт последний действующих храм в Якутии.
Новейшая история с 1983 года
В 1983 году Совет по делам религий при Совете Министров СССР после долгих прошений верующих принял решение о регистрации православного прихода в Якутске. Им стал молитвенный дом во имя святителя Николая Чудотворца.
23 февраля 1993 года Патриархом Алексием II и Священным Синодом Русской Православной Церкви было принято постановление о возрождении Якутско-Вилюйской епархии на территории Республики Саха (Якутия). Первым епископом новообразованной епархии был назначен архимандрит Герман (Моралин), по воспоминаниям которого, к моменту создания епархии в республике Саха (Якутия) был только один «запущенный» небольшой деревянный храм в городе Якутске, в который посылали «провинившихся» священнослужителей из Иркутска. Кроме того, действовал молитвенный дом, расположенный в ветхом бараке на окраине города Нерюнгри, где служил прикомандированный священник[7].
В 2000 году были созданы катехизаторский, молодёжный, социальный и военный епархиальные отделы, а в 2001 году — миссионерский.
Епархия переименована постановлением Священного Синода от 26 декабря 1995 года в связи с тем, что в городе Вилюйске 7000 жителей и нет православного прихода, а в городе Ленске более 30 тысяч населения и строится православный храм.
С 2005 года в Якутске стали регулярно проходить Рождественские чтения[8].
На II Якутских республиканских Рождественских чтениях (5-6 декабря 2006 года) «Возрождение и сохранение духовно-нравственных ценностей в современном обществе» было подписано Соглашение между Министерством образования Республики Саха (Якутия) и Якутской епархией Русской Православной Церкви о сотрудничестве в области образования и духовно-нравственного воспитания детей и молодёжи.
В августе 2006 года по благословению в Якутске было воссоздано духовное училище[8].
В 2009 году в Институте перевода Библии вышла Псалтирь на якутском языке[8].
Епископ Зосима (Давыдов) скончался 9 мая 2010 года от сердечного приступа после литургии в алтаре Градоякутского Никольского собора. Согласно его устному завещанию, которое он не раз озвучивал перед своими помощниками по Епархиальному управлению, в случае смерти тело из Якутии не увозить, а похоронить здесь, епископ Зосима был похоронен за алтарем Градоякутского Преображенского Кафедрального собора.
В марте 2011 года в блогосфере широко распространился анонимный текст, автор которого, называющий себя строительным подрядчиком, выполнявшим работы для епархии, обвиняет епископа Илию в алчности и в прямых денежных обманах[11]. Патриарху было направлено обращение с просьбой «назначить компетентную комиссию Священного Синода для расследования деятельности епископа Илии (Быкова)»[12]
30 мая 2011 года постановлением Священного Синода Русской Православной Церкви епископом Якутским и Ленским назначен архимандрит Роман (Лукин), избранный 6 октября 2008 года Священным Синодом (журнал № 82) епископом Михайловским, викарием Ставропольской епархии[14].
6 октября 2011 года Якутское Духовное Училище было преобразовано в Якутскую Духовную Семинарию[15].
В епархии с 19 августа 2001 года действует миссионерский отдел[8].
Методом проб и ошибок в первые годы было установлено, что массовые крещения людей в отдалённых районах Якутии неэффективны, и деятельность отдела сместила акцент на формирование общин из мирян с периодическими визитами священника из миссионерского отдела. Возглавляет отдел протоиерей Сергий Клинцов, настоятель Градоякутского Преображенского кафедрального собора[16].
В целом по религиозной ситуации в республике серьёзную обеспокоенность вызывает рост числа новых и нетрадиционных религиозных объединений, которые, при наличии серьёзного централизованного финансирования и ориентированности на миссионерскую деятельность уже по количеству религиозных организаций существенно опережают традиционные религии.
Также проблемой на данном этапе, к которой хочется привлечь внимание является слабая информированность, а порой и некомпетентность представителей государства в вопросах, связанных с религиозной сферой, и вытекающее из этого стремление местных властей дистанцироваться от решения проблем объединений верующих. В итоге о религиозной обстановке представления имеются крайне смутные и устаревшие. В поле зрения попадают, как правило, зарегистрировавшие организации, более-менее охотно идущие на контакт с представителями государства, и не представляющие опасности. Потенциально более опасные в этом смысле религиозные группы нонконформистской и даже деструктивной ориентации оказываются вне какого-либо контроля.
Однако, необходимо отметить также определённое противодействие миссионерской деятельности со стороны последователей традиционных языческих и неоязыческих объекдинений и учений, таких как учение Аар Айыы, Үс Түмсүү, Айыы Таҥара итэҕэлэ и неформальных объединений[17].
В начале перестройки основной задачей, поставленной руководством Республики было стремление возродить, с одной стороны, национальную традицию, культуру, фольклор и поднять самосознание якутского народа, с другой — продолжить прерванный революцией процесс воцерковления и приобщения северных народов к Православию.
В соответствии с этим, по инициативе первого президента Республики М. Е. Николаева в 1993 году была восстановлена Якутская епархия, которой до настоящего времени оказывается большая поддержка. Однако параллельно с этим официальные власти содействовали процессу возрождения традиционного якутского шаманизма, которому, однако, придавался исключительно светский, некультовый характер.
В 1996 году для удобства осуществления взятого курса была организована Академия духовности[18], которая объединила ведущих представителей Якутской интеллигенции — писателей, артистов, учёных-гуманитариев, в первый состав которой, однако, вошёл и представитель Русской Православной Церкви в лице архиепископа Германа (Моралина).
В стенах самой Академии на первых же заседаниях наметились две четкие фракции: с одной стороны архиеп. Герман и ныне покойный народный писатель Дмитрий Кононович Сивцев (Суорун Омоллоон), с другой стороны — остальные 19 членов Академии, которых воодушевила идея возрождения национальной культуры и религии. Используя свой общественный авторитет, и при равнодушном отношении к Православной Церкви, они содействовали восстановлению в Республике публичного проведения национальных языческих праздников — в первую очередь Ысыаха (летняя встреча солнца), популяризации языческого божества Чысхаана (бык зимы) как национального образа Деда Мороза; введению в школах и ВУЗах программ по изучению якутского языческого календаря и Олонхо — народного эпоса, содержащего национальные традиции и мифологию.
С 2005 года в Академии духовности совершенно отсутствует православная фракция, а руководители местных муниципальных образований, используя отдалённость от центра, и экономическую самостоятельность своих районов, сами решают на местах, что им поддерживать: Православие или шаманизм, или — и то, и другое одновременно.
↑Епархии (неопр.). Дата обращения: 2 декабря 2013. Архивировано из оригинала 15 октября 2013 года.
↑Юрганова И. И. Неизвестные страницы истории обновленчества в Якутии // Известия Иркутского государственного университета. Серия: Политология. Религиоведение. — 2015. — Т. 14. — С. 214—215
↑Юрганова И. И. Неизвестные страницы истории обновленчества в Якутии // Известия Иркутского государственного университета. Серия: Политология. Религиоведение. — 2015. — Т. 14. — С. 217—218
↑Юрганова И. И. Неизвестные страницы истории обновленчества в Якутии // Известия Иркутского государственного университета. Серия: Политология. Религиоведение. — 2015. — Т. 14. — С. 219—220
↑Юрганова И. И. Неизвестные страницы истории обновленчества в Якутии // Известия Иркутского государственного университета. Серия: Политология. Религиоведение. — 2015. — Т. 14. — С. 220
Юрганова И. И. Православное христианство в Якутии // Сибирь на перекрестье мировых религий: Материалы 30-й межрегион. науч.-практ. конф., посвящ. памяти выдающегося ученого и педагога, специалиста по библеистике, проф. НГУ Михаила Иосифовича Рижского.— Новосибирск, 2006. — С. 217—221.
Юрганова И. И. Церкви Якутии: (краткая история). — Изд. 2-е, перераб. и доп. — Якутск : Якутская епархия Русской Православной Церкви, 2010. — 396 с. — ISBN 978-5-902864-05-9.
Дмитриева И. А. На Север сквозь века. История православия в Якутии. Часть I. Середина XVII — первая половина XIX веков. Якутск: Издательский отдел Якутской епархии Русской Православной Церкви Московского Патриархата, 2013. — 166 с.
Юрганова И. И. Православное христианство в Якутском крае (краткий исторический очерк) // Миссия Русской Православной Церкви в Сибири и Америке (к 125-летию со дня рождения Святителя Иннокентия (Вениаминова): материалы Всероссийской научно-практической конференции с международным участием, Свято-Троицкая Сергиева Лавра (г. Сергиев Посад, Московской области), 24.11.2012 г. / [сост.: А. А. Курчатова]. — Якутск: Офсет, 2014. — С. 12—22.
Юрганова И. И. Миссионерская деятельность Русской Православной церкви в Якутии (XVII — нач. XX вв.) // Вестник Российского университета дружбы народов. Сер. История России. — 2014. — № 3. — С. 117—128.
Дмитриева И. А., Юрганова И. И. Божьи люди. История православия в Якутии. Часть II. (1852 − 1917 годы). — Якутск: Изд. отдел Якутской епархии РПЦ, 2015. — 208 с.
Юрганова И. И. Православие в Якутском крае: сборник статей. — Иркутск: Изд-во ИГУ, 2016. — 299 с. — ISBN 978-5-9624-1334-1.
Юрганова И. И. «Тобольский период» деятельности Русской православной церкви в Якутии: начало межцивилизационного диалога // Вестник Кемеровского государственного университета. — 2016. — № 2 (40). — С. 5-13.
Юрганова И. И. Якутия в составе Камчатской епархии (1856—1869 гг.): особенности церковного управления // Вестник Кемеровского государственного университета. — 2016. — № 2 (66). — С. 62-67.
1 Расположены на международно признанных территориях Украины, которые были аннексированы Россией в 2014 и 2022 годах. 2 РПЦ заявила о передаче этих епархий из УПЦ (МП) в непосредственное подчинение Патриарху Московскому и всея Руси, УПЦ (МП) данное решение не признала.
3 Епархия учреждена Священным синодом РПЦ. УПЦ (МП) данное решение не признала и рассматривает эту епархию как часть Херсонской епархии